Phân tích xu hướng sử dụng codon của bộ gen lục lạp của Cistanche

Trừu tượng:

Mục tiêu Làm rõ xu hướng sử dụng codon và các yếu tố ảnh hưởng đến hệ gen lục lạp ở 4 cây thuốc thuộc chi Cistanche spp. Phương pháp Các tham số sai lệch sử dụng codon củaquả hồ trăn sa mạc, nước tiểusalsa vànước tiểucây vòi voiđược phân tích bởi CUSP, CodonW 1.4.2, SPSS và Microsoft Excel.

Kết quả Bộ gen lục lạp của bốn loài Cistanche có mô hình sử dụng codon tương tự nhau, với cơ sở thứ ba của các codon đều kết thúc bằng A/T và có xu hướng sử dụng các cơ sở A/T một cách thuận lợi hơn.

Các giá trị ENC (số codon hiệu quả) của bốn loài đều trên 35, cho thấy rằng ưu tiên codon của các gen lục lạp trong Cistanche spp. là yếu. Kết quả của biểu đồ trung tính, biểu đồ ENC, biểu đồ sai lệch PR2-và phân tích tương ứng chỉ ra rằng chọn lọc tự nhiên là yếu tố chính ảnh hưởng đến sai lệch sử dụng codon bộ gen lục lạp trong Cistanche spp. Các giá trị RSCU (sử dụng codon đồng nghĩa tương đối) đã được sử dụng để xác định bốn codon tối ưu được chia sẻ bởi bốn loài Cistanche spp.

Kết luận Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã phân tích xu hướng sử dụng codon của bộ gen lục lạp của bốn loài lục lạp.Cistache tubulosa. và tiết lộ các yếu tố ảnh hưởng đến sai lệch codon, từ đó cung cấp cơ sở lý thuyết tương ứng để nghiên cứu quá trình tiến hóa có hệ thống, thích nghi với môi trường và cải tạo giống củanước tiểuở cấp độ phân tử.

Bấm vào đây để lấy chiết xuất Cistanche Tubulosa

Hỏi thêm:

Email:wallence.suen@wecistanche.com Whatsapp cùng với 86 15292862950

Cistanche Hoffmanns. & Link là một loại thảo mộc ký sinh lâu năm thuộc họ Orobanchaceae, phân bố chủ yếu ở châu Âu và châu Á, với bốn loàinước tiểuở Nội Mông, Ninh Hạ, Cam Túc, Thanh Hải và Tân Cương [1] .

Trong số đó,Cistanche Deserticola Macó giá trị dược liệu cao nhất và được mệnh danh là “nhân sâm sa mạc” vì mọc chủ yếu ở vùng sa mạc. Tuy nhiên, các cây thuốc thuộc chi Cistanche đang phải đối mặt với sự nhầm lẫn trong phân loại thực vật [2] và nhầm lẫn trong việc sử dụng các loài có sẵn trên thị trường [3]. Lục lạp là nơi quang hợp ở hầu hết các loại cây xanh, tham gia vào các hoạt động trao đổi chất thứ cấp và phát triển [4], đồng thời phối hợp biểu hiện gen giữa các bào quan và bộ gen hạt nhân [5]. Lục lạp có bộ gen di truyền tự trị và được sử dụng rộng rãi trong các nghiên cứu như phân tích phát sinh loài thực vật, xác định loài và biểu hiện đa dạng di truyền. Trong những năm gần đây, với sự trưởng thành của công nghệ giải trình tự thông lượng cao bộ gen lục lạp, một số loài thực vật thuộc chi Cistanche, Cistanche salina C. salsa (CA Mey.) G. Beck, Cistanche salsa C. sinensis G. Beck, và Cistanche tubulosa Wight đã được nghiên cứu giải trình tự lục lạp, cũng như phát sinh loài và di truyền của chúng. Tuy nhiên, không có nghiên cứu nào về ưu tiên codon của bộ gen lục lạp của Cistanche spp. đã được báo cáo.

Codon, còn được gọi là mã di truyền, là cầu nối giữa axit nucleic và protein. cầu nối giữa axit nucleic và protein, và là một sự nhận biết và truyền tải thông tin di truyền sinh học quan trọng. ].

Do sự khác biệt trong quá trình dịch mã protein giữa các loài nên có xu hướng sử dụng một hoặc quá trình dịch mã của các loài khác nhau, chúng có xu hướng sử dụng một hoặc một số codon đồng nghĩa cụ thể, hiện tượng này được gọi là xu hướng sử dụng codon (CUB) [9]. Hiện tượng này được gọi là xu hướng sử dụng codon (CUB) [9], và sự ưa thích codon có tác động đáng kể đến quá trình dịch mã mRNA, phiên mã DNA, cấu trúc protein, biểu hiện và biểu hiện. Ưu tiên codon đóng một vai trò quan trọng trong quá trình dịch mã mRNA, phiên mã DNA, cấu trúc protein, biểu hiện, chức năng và sự gấp nếp đồng dịch mã cũng như các quá trình trao đổi chất khác của tế bào. Ưu tiên codon đóng một vai trò quan trọng trong các quá trình trao đổi chất của tế bào như dịch mã mRNA, phiên mã DNA, cấu trúc protein, biểu hiện, chức năng và gấp nếp đồng dịch mã [10]. Shi Yanshuo và cộng sự [11] đã phân tích sở thích codon của bốn loài nhân sâm Panax bằng cách phân tích sở thích bộ gen lục lạp của bốn loài Panax Linn. bằng cách phân tích ưu tiên codon của bộ gen lục lạp của bốn Panax Linn. thực vật và suy ra rằng các thực vật trong cùng một chi có quan hệ họ hàng gần gũi với nhau hơn. Song Yun và cộng sự [12] đã chứng minh rằng gen ICE1 có thể được tối ưu hóa dựa trên sở thích của codon, làm cho nó có khả năng chống lại áp lực nhiệt độ thấp tốt hơn.

Song Yun và cộng sự [12] đã chứng minh rằng gen ICE1 có thể được tối ưu hóa để biểu hiện dưới áp lực ở nhiệt độ thấp dựa trên sự ưu tiên của codon; Li Xianhuang và cộng sự [13] nhận thấy Li Xianhuang và cộng sự [13] nhận thấy rằng sự ưa thích codon có thể phản ánh mối quan hệ tiến hóa giữa các loài; Zhang Jun Yan Li và cộng sự [13] nhận thấy rằng sở thích codon phản ánh mối quan hệ tiến hóa giữa các loài; Jun Yan Zhang và cộng sự [14] đã chứng minh rằng đột biến và chọn lọc tự nhiên cùng ảnh hưởng đến sự biểu hiện của Swertia bimaculate (L.). Zhang Junyan và cộng sự [14] đã chứng minh rằng đột biến và chọn lọc tự nhiên kết hợp với nhau để ảnh hưởng đến mối quan hệ tiến hóa của Swertia bimaculate (Sieb. et Zucc.) Hook. f. et Thơm. ex CB Clark ưu tiên mã hóa bộ gen lục lạp cho swertia bimaculate (Sieb. et Zucc.) Hook. f. et Thơm. Nghiên cứu về sở thích codon bộ gen lục lạp trong bộ gen lục lạp thực vật đã được tiến hành để cung cấp cơ sở cho việc thuần hóa người Thụy Điển. Do đó, nghiên cứu mô hình sử dụng codon của bộ gen lục lạp thực vật có thể cung cấp cơ sở cho việc thuần hóa người Thụy Điển. Vì vậy, nghiên cứu các kiểu sử dụng codon của bộ gen lục lạp có thể giúp nâng cao hiệu quả của cơ chế phân tử xây dựng vector biểu hiện gen thích nghi với môi trường và cải tiến giống cây trồng. Do đó, nghiên cứu mô hình sử dụng codon của bộ gen lục lạp thực vật có thể cung cấp dữ liệu hỗ trợ để cải thiện hiệu quả của việc xây dựng vectơ biểu hiện gen, khám phá mối quan hệ tiến hóa của các loài, hiểu cơ chế phân tử thích nghi với môi trường và cải thiện các loài thực vật [15].