So sánh về bối cảnh miễn dịch học giữa COVID -19, ở bệnh nhân fl uenza và virus hợp bào hô hấp bằng phân tích phân nhóm
Jun 15, 2022
Để tìm hiểu thêm thông tin, xin vui lòng liên hệdavid.wan@wecistanche.com
a b s t r a c t
Tiểu sử: COVID-19 có mạnh mẽ hơn sự lây nhiễm và a cao hơn rủi ro vì mức độ nghiêm trọng hơn phần lớn khác đường hô hấp truyền nhiễm bệnh tật. Các cơ chế cơ bản đây Sự khác biệt duy trì không rõ.
Phương pháp: chúng tôi so các miễn dịch học phong cảnh giữa COVID-19 và hai khác dễ lây lan reschim ăn thịt bệnh tật (Trongfluenza và hô hấp hợp bào vi-rút (RSV)) qua nhóm lại phân tích của các số ba dis-làm dịu đi dựa trên trên 27 miễn dịch chữ ký' điểm số.
Kết quả: chúng tôi nhận dạngfied số ba miễn dịch kiểu phụ: Khả năng miễn dịch-H, Khả năng miễn dịch-M, và Khả năng miễn dịch-L, cái mà dis-chơi cao, vừa phải, và Thấp miễn dịch chữ ký, tương ứng. chúng tôi tìm20 phần trăm, 35,5 phần trăm,và44,5 phần trăm của COVID-19 các trường hợp bao gồm Trong Khả năng miễn dịch-H, Khả năng miễn dịch-M, và Khả năng miễn dịch-L, tương ứng; tất cả các Trongfluenza trường hợp đã bao gồm Trong Khả năng miễn dịch-H; 66,7 phần trămvà33,3 phần trămcủa RSV các trường hợp thuộc về đến Khả năng miễn dịch-H và Khả năng miễn dịch-L,tương ứng. Này dữ liệu biểu thị cái đó phần lớn COVID-19 người bệnh có yếu hơn miễn dịch chữ ký hơn trongfluenza và RSV người bệnh, như có bằng chứng qua 22 của các 27 miễn dịch chữ ký đang có thấp hơn điểm bồi dưỡng Trong COVID-19 hơn Trong Trongfluenza và/hoặc RSV. Các Khả năng miễn dịch-M COVID-19 người bệnh có các biểu hiện cao nhất cấp độ của ÁT CHỦ2 và IL-6 và thấp nhất Lan tỏa tải và là các út. Trong tương phản, sự miễn dịch-H COVID-19 người bệnh có các thấp nhất biểu hiện cấp độ của ÁT CHỦ2 và IL-6 và cao nhất Lan tỏa tải và là các lâu đời nhất. Phần lớn miễn dịch chữ ký có thấp hơn làm giàu cấp độ Trong các căng quan tâm đơn vị(ICU) hơn Trong không-ICU người bệnh. Gene bản thể học phân tích cho thấy cái đó các bẩm sinh và thích nghi phản ứng miễn dịch là significantly kiểm soát thấp Trong COVID-19 đấu với khỏe mạnh cá nhân.
Kết luận: So đến Trongfluenza và RSV, COVID-19 hiển thị significantly khác nhau immunologibê chuyên nghiệpfiles. Cao miễn dịch chữ ký là có liên quan với a tốt hơn tiên lượng Trong COVID-19 người bệnh.
@ 2021 Các Tác giả(s). Được phát hành qua Elsevier B.V. trên thay mặt của Nghiên cứu Mạng của Tính toán và cấu trúc Công nghệ sinh học. Đây Là một truy cập mở bài báo Dưới các CC QUA-NC-ND giấy phép
Bấm vào đây để tìm hiểu thêm về Cistanche
1. Tiểu sử
Các virus corona dịch bệnh 2019 (COVID-19) gây ra qua các cấp tính nghiêm trọng hô hấp hội chứng virus corona 2 (SARS-CoV-2) có đã được báo cáo đến quá 126 triệu các trường hợp và kết quả Trong hơn hơn2.7 triệu cái chết toàn cầu như của Bước đều 26, 2021 [1]. COVID-19chia sẻ tương tự lâm sàng bài thuyết trình với Trongfluenza và hợp bào hô hấp vi-rút (RSV), như là như ho, sốt, dữ dội phổi nhiễm trùng,và thỉnh thoảng hô hấp thất bại gây ra cái chết [2], Tuy nhiên,COVID-19 có cũng chứng minh riêng biệt lâm sàng đặc điểm,
như là như đường tiêu hóa không thoải mái, thần kinh thương tích, và giảm âm lượng[3,4]. So đến khác dễ lây lan hô hấp bệnh tật, như là như trongfluenza và RSV, COVID-19 có mạnh mẽ hơn sự lây nhiễm và a cao hơn -rủi ro vì mức độ nghiêm trọng, như là như hô hấp phiền muộn và có hệ thống trongflammation [3,5]. Hơn nghiêm túc, COVID-19 thường có a ủ lâu Giai đoạn cái đó significantly tăng nó là khả năng truyền[3,5,6]. không giống nhiều khác hô hấp vi rút, SARS-CoV-2 infecsự có thể kết quả Trong chủ nhà hyperinflammatory phản ứng, đặc trưng bởi a cao mức độ của tuần hoàn Trongflammatory cytokine và interleukine-6 (IL-6) [7]. Một số học có cho xem cái đó a số lượng lớn của loại hình I interferon thăng chức Trongflammatory cytokine sản xuất và kết quả Trong gây chết người viêm phổi [8,9]. Miễn dịch rối loạn chức năngsự Là cũng a đặc tính của COVID-19 [10]; như cho xem Trong COVID nghiêm trọng-19 các trường hợp, các toàn bộ con số của T và B tế bào là giảm,kết quả từ sản xuất quá mức chuyên nghiệp-Trongflammatory cytokine [11].Đến khám phá tiềm năng cơ chế cơ bản các signifikhông thể khác lâm sàng đặc điểm của COVID-19, chúng tôi so miễn dịch học phong cảnh giữa COVID-19, Trongfluenza, và Dựa trên RSV trên của chúng gien biểu hiện chuyên nghiệpfiles. chúng tôi thực hiện a phân tích phân cụm đến nhận định miễn dịch kiểu phụ của COVID-19, Trongfluenza, và RSV dựa trên trên các làm giàu cấp độ của 27 miễn dịch chữ ký. Chúng tôi đã xác định số ba miễn dịch kiểu phụ với cao, vừa phải, và miễn dịch thấp chữ ký, tương ứng, và mổ xẻ này kiểu phụ'phân tử Tính năng, đặc điểm. chúng tôi cũng khám phá mối tương quan giữa những miễn dịch này chữ ký và nhiều lâm sàng đặc điểm Trong COVID- 19 người bệnh. Đây nghiên cứu nhằm vào đến cung cấp Mới hiểu biết sâu sắc vào trong miễn dịch học phong cảnh của COVID-19.
Quả sung. 1. Nhận dạngfication của miễn dịch kiểu phụ của COVID-19, Trongfluenza, và RSV. (A) Thứ bậc nhóm lại hoa lợi số ba kiểu phụ: Khả năng miễn dịch-H, Khả năng miễn dịch-M, và Khả năng miễn dịch-L,
dựa trên trên các làm giàu điểm số của 27 miễn dịch chữ ký. (B) So sánh của các làm giàu điểm số của 27 miễn dịch chữ ký giữa các số ba miễn dịch kiểu phụ. (C)So sánh của các làm giàu điểm số của 27 miễn dịch chữ ký giữa COVID-19, Trongfluenza, và RSV người bệnh. (D) So sánh của các biểu hiện cấp độ của ÁT CHỦ2 và IL-6giữa các số ba miễn dịch kiểu phụ và giữa các số ba miễn dịch kiểu phụ chứa đựng COVID-19 chỉ có. (E) So sánh của COVID-19 người bệnh' lứa tuổi giữa các ba miễn dịch kiểu phụ. (F) So sánh của Lan tỏa tải Trong COVID-19 người bệnh giữa các số ba miễn dịch kiểu phụ. (G) Spearman tương quan giữa các biểu hiện cấp độ ofACE2và IL-6 và Lan tỏa tải Trong COVID-19 người bệnh. (H) lề tương quan giữa các biểu hiện cấp độ của ÁT CHỦ2 và IL-6 Trong COVID-19 người bệnh. * P<0. 05, **P<0. 01, ***P<0. 001.
2. Phương pháp
2. 1. Bộ dữ liệu
chúng tôi thu thập tám gien biểu hiện chuyên nghiệpfiling bộ dữ liệu, bao gồm
bốn COVID-19 RNA-seq bộ dữ liệu [12-15], một RSV RNA-seq tập dữ liệu từ các Gene Biểu hiện Omnibus cơ sở dữ liệu (GEO, https://www. ncbi.nlm.không.gov/địa lý/), một RSV microarray tập dữ liệu [16], một Trongfluenza microarray tập dữ liệu từ GEO, và một microarray tập dữ liệu cho cả hai RSV và Trongfluenza [17] (Bàn 1). Ngày thứ nhất, chúng tôi thu thập thô dữ liệu từ này bộ dữ liệu, sáng tác của 1,036 người bệnh và 273 khỏe mạnh lừa đảoxe đẩy. Các 1,036 người bệnh bao gồm 842 COVID-19, 44 Trongfluenzas,và 150 RSV người bệnh. Các Trung bình tuổi tác của này người bệnh là53 năm (tứ phân vị phạm vi: 38–67 năm). Giữa này người bệnh, 404 (38,96 phần trăm)là phụ nữ, 348 (33,61 phần trăm)là nam, và 284 (27,43 phần trăm)là không xác địnhfied. Ở đó là 100 COVID-19 các trường hợp bên trong tập dữ liệu GSE157103, bao gồm 50 căng quan tâm đơn vị (ICU) trường hợp và 50 không-ICU các trường hợp. Các bốn COVID-19 bộ dữ liệu bao gồm
người bệnh từ các Hoa Kỳ. Các hai bệnh cúm bộ dữ liệu bao gồm bệnh nhân từ Canada và các Vương quốc Anh, tương ứng, và các hai Bộ dữ liệu RSV bao gồm người bệnh từ các Vương quốc Anh và các Hoa Kỳ. Các người bệnh'khăn giấy Trong này bộ dữ liệu nguồn gốc từ các phía trên khí đạo, peripheral máu đơn nhân tế bào, bạch cầu, và máu. Tiếp theo, chúng tôi mỗihình thành a phẩm chất điều khiển phân tích đến phát hiện ngoại lai Trong mỗi tập dữ liệu bằng cách sử dụng WGCNA [7]. Cuối cùng, chúng tôi hợp nhất này bộ dữ liệu sử dụng các''hợp nhất" hàm số Trong các R bưu kiện ''cơ sở" và thực hiện sự điều chỉnh của lô hàng các hiệu ứng và bình thường hóa của các dữ liệu kết hợp sử dụng các ''chuẩn hóa giữa các mảng" hàm số Trong các R đóng góituổi tác ''limma. " Tại vì đây nghiên cứu nhằm vào đến so sánh miễn dịch signachữa bệnh giữa COVID-19, Trongfluenza, và RSV, các vi khuẩn và khác vô danh vi rút-có liên quan mẫu là loại trừ.
2.2. Phân cụm
chúng tôi thực hiện một sâu rộng văn chương Tìm kiếm vì miễn dịch signachữa bệnh có liên quan với hô hấp vi-rút sự nhiễm trùng và thu thập27 miễn dịch chữ ký liên quan đến 136 đánh dấu gien [18-21]. chúng tôifiđầu tiên quantified các làm giàu cấp độ của các 27 miễn dịch chữ ký trong mỗi vật mẫu qua các Độc thân-vật mẫu gien-bộ làm giàu phân tích(ssGSEA) [22]. Dựa trên trên các ssGSEA điểm số của các 27 miễn dịch signachữa bệnh, chúng tôi thực hiện thứ bậc nhóm lại của các mẫu Trong sự hợp nhất tập dữ liệu dựa trên trên các Euclidean số liệu.
2.3. Gene-bộ làm giàu phân tích
chúng tôi nhận dạngfied gien bản thể học (ĐI) và KEGG những con đường upregu-
muộn và kiểm soát thấp Trong COVID-19, Trongfluenza, RSV, và của chúng
miễn dịch kiểu phụ qua GSEA [23] (R thực hiện) với a đập mạnhcũ của điều chỉnh Giá trị P<0. 05.
Quả sung. 2. Nhận dạngfication của khác biệt bày tỏ gien và gien bản thể học (ĐI) giữa COVID-19 người bệnh và Trongfluenza và RSV người bệnh. (A) So sánh của các mức độ biểu hiện của ÁT CHỦ2 và TMPRSS2 giữa vi-rút-bị lây nhiễm người bệnh và khỏe mạnh điều khiển. (B) IFITM3 trình diễn significantly thấp hơn biểu hiện cấp độ Trong COVID-19 hơn Trong Trongfluenza và RSV người bệnh và mạnh tích cực biểu hiện mối tương quan với miễn dịch-thúc đẩy chữ ký. ĐI điều kiện điều tiết và kiểm soát thấp Trong COVID-19 (C), Trongfluenza (D), và
RSV (E) người bệnh đấu với khỏe mạnh điều khiển. (F) ĐI điều kiện cao làm giàu Trong COVID-19 đấu với Trongfluenza. * P<0. 05, **P<0. 01, ***P<0. 001.
2.4. Nhận dạngfication của gien mô-đun làm giàu Trong miễn dịch kiểu phụ
chúng tôi đã sử dụng WGCNA [7] đến nhận định gien mô-đun signifikhông thể làm giàu Trong miễn dịch kiểu phụ dựa trên trên gien co-biểu hiện mạng lướicông việc phân tích. Dựa trên trên các biểu hiện mối tương quan giữa gen mô-đun' trung tâm gien, chúng tôi nhận dạngfied các ĐI điều kiện signifikhông thể tương quan đến cụ thểfic đặc điểm.
2.5. Thống kê phân tích
Trong các sự so sánh của khác nhau các nhóm của dữ liệu, chúng tôi đã sử dụng Sinh viên's t-kiểm tra hoặc ANOVA kiểm tra nếu họ là thông thường phân phối; nếu không thì,chúng tôi đã sử dụng các Mann–Whitney U kiểm tra hoặc Kruskal–Wallis kiểm tra. chúng tôi đã sử dụng lề tương quan đá ngầmficient (R) đến Thúc giục các tương quan biểu hiện giữa hai gien và các Spearman tương quan đá ngầmficient (p) đến đánh giá mối tương quan giữa khác biến. Chúng tôi đã điều chỉnh P giá trị Trong nhiều bài kiểm tra sử dụng các sai khám phá tỷ lệ(FDR), cái mà là tính toán qua các Benjamini-Hochberg phương pháp.chúng tôi thực hiện tất cả các thống kê phân tích sử dụng R lập trình (version 4.0.2).
3. Kết quả
3. 1. Các miễn dịch kiểu phụ của COVID- 19, Trongfluenza, và RSV
Dựa trên trên các 27 miễn dịch chữ ký' làm giàu điểm số, chúng tôi phân cấp nhóm lại các 809 vi-rút-bị lây nhiễm bệnh nhân dựa trên mẫu trên các Euclidean khoảng cách Hệ mét. chúng tôi thu được số ba xa lạ
cụm, có thời hạn Khả năng miễn dịch-H, Khả năng miễn dịch-M, và Khả năng miễn dịch-L,cái mà hiển thị các cao nhất, vừa phải, và thấp nhất miễn dịch Chữ ký cấp độ, tương ứng (Quả sung. 1A). Trong thực tế, giữa các 27 chữ ký miễn dịch, 21 hiển thị significantly cao hơn làm giàu điểm số trong miễn dịch-H hơn Trong Khả năng miễn dịch-M và Khả năng miễn dịch-L (một-cách ANOVA kiểm tra, P<0. 05) (Quả sung. 1B). chúng tôi tìm20 phần trăm, 35,5 phần trăm,và44,5 phần trămcủa COVID-19 các trường hợp bao gồm Trong Khả năng miễn dịch-H, Khả năng miễn dịch-M, và miễn dịch-L, tương ứng; tất cả các Trongfluenza các trường hợp là bao gồm trong Khả năng miễn dịch-H; 66,7 phần trămvà33,3 phần trămcủa RSV các trường hợp thuộc về Khả năng miễn dịch-H và Khả năng miễn dịch-L, tương ứng. Này kết quả indphục vụ ăn uống cái đó phần lớn COVID-19 người bệnh có yếu hơn miễn dịch chữ ký hơn các người bệnh bị lây nhiễm với khác vi rút. Đây là chứng cứ làcáccái đó 22 của các 27 miễn dịch chữ ký hiển thị thấp hơn làm giàucố vấn điểm số Trong COVID-19 hơn Trong Trongfluenza và/hoặc RSV người bệnh(Quả sung. 1C).
Angiotensin-chuyển đổi men 2 (ÁT CHỦ2) Là các chủ nhà tế bào người thụ cảm của SARS-CoV và SARS-CoV-2 [3]. chúng tôi tìm cái đó ÁT CHỦ2 kinh nghiệmsion cấp độ là các cao nhất và thấp nhất Trong Khả năng miễn dịch-M và miễn dịch-H, tương ứng (hai-có đuôi Sinh viên's t-kiểm tra, P<0. 05) (Quả sung. 1D). IL-6 có đã chỉ ra như một bất lợi người tiên lượng của COVID-19. Đáng chú ý, các biểu hiện cấp độ của IL-6 là các cao nhất và thấp nhất Trong Khả năng miễn dịch-M và Khả năng miễn dịch-H, tương ứng(P<0. 05) (Quả sung. 1D). Khi nào các các trường hợp của Trongfluenza và RSV đã bị loại trừ, các biểu hiện cấp độ của ÁT CHỦ2 và IL-6 là còn các cao-est và thấp nhất Trong Khả năng miễn dịch-M và Khả năng miễn dịch-H, tương ứng(P<0. 05) (Quả sung. 1D). Nó chỉ ra cái đó các COVID-19 các trường hợp trong miễn dịch-M và Khả năng miễn dịch-H có thể có khác nhau tiên lượng.Thật, các COVID-19 người bệnh là các út và lâu đời nhất trong miễn dịch-M và Khả năng miễn dịch-H, tương ứng (Kruskal–Wallis kiểm tra, P = 0.003) (Quả sung. 1E). Hơn thế nữa, các COVID-19 người bệnh có các Thấpest và cao nhất Lan tỏa tải Trong Khả năng miễn dịch-M và Khả năng miễn dịch-H,tương ứng (P = 0.004) (Quả sung. 1F). Các biểu hiện cấp độ của ÁT CHỦ2và IL-6 là nghịch lại tương quan với Lan tỏa tải Trong COVID-19người bệnh (Spearman tương quan, p = — 0.29, P<0. 001,p = — 0.12, P < 0.015,="">tương ứng) (Quả sung. 1G). Trong khi đó, chúng tôi Được Quan sát a biểu hiện mạnh mẽ tương quan giữa ÁT CHỦ2 và IL-6 Trong COVID-19người bệnh (lề tương quan R = 0.65, P<0. 001) (Quả sung. 1H).
Tổng thể, này kết quả biểu thị cái đó các chủ nhà miễn dịch phản ứng đến SARS-CoV-2 sự nhiễm trùng Là rất có thể đến thì là ở hơn nặng nề rối loạn kiểm soát hơn các phản ứng đến các khác vi rút' sự nhiễm trùng.
Quả sung. 3. Gene mô-đun làm giàu Trong miễn dịch kiểu phụ và bệnh tật. 12 gien mô-đun (chỉ ra Trong màu xanh ngọc, màu xanh lá, màu đỏ tía, rám nắng, đỏ tươi, màu vàng, màu xanh da trời, nâu, màu đen, Hồng,màu xanh lá-màu vàng, và màu đỏ màu sắc) significantly phân biệt này người bệnh qua miễn dịch kiểu phụ (A) và dịch bệnh (B) nhận dạngfied qua WGCNA. Các Tiêu biểu gien bản thể học (ĐI)vì gien mô-đun, tương quan đá ngầmfingười nhận, và P giá trị (Trong dấu ngoặc đơn) là cho xem. CácXám mô-đun chứa không được chỉ định gien và có không ĐI có liên quan với nó. (Để giải thích của các người giới thiệu đến màu sắc Trong đây figure truyền thuyết, các người đọc Là giới thiệu đến các web phiên bản của đây bài báo.) (Vì diễn dịch của các người giới thiệu đến màu sắc Trong đâyfigure truyền thuyết, các người đọc Là giới thiệu đến các web phiên bản của đây bài báo.)
3.2. Khác biệt bày tỏ gien và những con đường giữa COVID- 19người bệnh và Trongfluenza và RSV người bệnh
ÁT CHỦ2 và TMPRSS2 là hai quan trọng phân tử vì SARS-CoV-2xâm lược chủ nhà tế bào [24]. chúng tôi tìm cái đó ÁT CHỦ2 biểu hiện cấp độ đã significantly cao hơn Trong COVID-19 người bệnh hơn Trong khỏe mạnhđiều khiển, Trongfluenza, và RSV người bệnh (P<0. 05) (Quả sung. 2A). TMPRSS2biểu hiện cấp độ là significantly thấp hơn Trong COVID-19 bệnh nhân hơn Trong khỏe mạnh điều khiển, trong khi nó là significantly cao hơn trong COVID-19 người bệnh hơn Trong Trongfluenza và RSV người bệnh (P<0. 05) (Quả sung. 2A). Hơn nữa, chúng tôi nhận dạngfied 41 gien hiển thị significantly khác nhau biểu hiện cấp độ giữa COVID-19 người bệnh và khỏe mạnh điều khiển (FDR<0. 1,nếp gấp biến đổi lớn hơn hơn 2). Trong số họ, 12 gien mã hóa phiên âm các nhân tố (TFs) là upregbị loét Trong COVID-19 người bệnh. Các 12 TFs bao gồm fiđã Lan tỏa bản saosự và di động phản ứng chất ức chế (NẾU NÓ3, DDX58, MX1, OAS1, và TRIM22), một chemokine (CXCL10), hai interferon-gamma dấu hiệu-ing người hòa giải (XAF1 và GBP1), một đại thực bào sự kích hoạt moduthợ pha cà phê (EPSTI1), hai miễn dịch phản ứng bộ điều biến (STAT1 và EIF2AK2), và một interferon's kháng vi-rút hoạt động người điều chế(IFITM3). Trong Trongfluenza và RSV người bệnh, 14 và 40 TF gien đã được kiểm soát quan hệ đến của chúng khỏe mạnh điều khiển, tương ứng. IFITM3là các chỉ có TF gien thông thường điều tiết Trong COVID-19, Trongfluen-za, và RSV người bệnh. Tuy nhiên, IFITM3 có significantly biểu hiện thấp hơn cấp độ Trong COVID-19 hơn Trong Trongfluenza và RSV bệnh nhân và cho thấy mạnh tích cực biểu hiện mối tương quan với chữ ký miễn dịch (Quả sung. 2B). Lại, này kết quả biểu thị các sự khác biệt trong chủ nhà miễn dịch phản ứng Trong COVID-19 đấu với Trongfluenza và Bệnh nhân RSV.
GSEA nhận dạngfied 81 ĐI điều kiện làm giàu Trong COVID-19 người bệnh,cái mà là chủ yếu có liên quan Trong các Quy định của sự trao đổi chất,ngoại bào ma trận, Thu phí-giống thụ thể (TLR), Con hà mã báo hiệu,và miễn dịch phản ứng. Trong tương phản, hai ĐI điều kiện có liên quan Trong reg ubiquitin và bẩm sinh sự miễn nhiễm là kiểm soát thấp Trong
COVID-19 người bệnh (Quả sung. 2C). Trong phép cộng, GSEA nhận dạngfied 272 ĐI điều khoản làm giàu Trong Trongfluenza người bệnh, phần lớn của cái mà là tham gia vào, liên quan tới các Quy định của Trongflammatory và miễn dịch phản hồi (Quả sung. 2D). 49 ĐI điều kiện là làm giàu Trong RSV người bệnh, phần lớn của cái mà được liên kết với miễn dịch Quy định (Quả sung. 2E). Thật ngạc nhiên, không này ĐI điều kiện là thông thường điều tiết hoặc kiểm soát thấp hơn trong số các số ba các nhóm của vi-rút-bị lây nhiễm người bệnh, chỉ ra duy nhất phân tử sự thay đổi Trong mỗi tập đoàn của vi-rút-bệnh nhân bị nhiễm trùng.
chúng tôi cũng tiến hành a sự so sánh của gien biểu hiện chuyên nghiệpfiles giữa các COVID-19 người bệnh và Trongfluenza và RSV người bệnh.chúng tôi tìm 126 ĐI điều kiện cao làm giàu Trong COVID-19, phần lớn trong số đó là có liên quan Trong các Quy định của sự trao đổi chất, chemokine,và cytokine. Trong phép cộng, 32 ĐI điều kiện là kiểm soát thấp trong COVID-19, cái mà là chủ yếu có liên quan với bộ gen quy định ổn định (Quả sung. 2F và Bổ sung Quả sung. S1A). ngoài ra, chúng tôi com-ngang ngửa gien biểu hiện chuyên nghiệpfiles giữa Khả năng miễn dịch-H, Khả năng miễn dịch- M, và Khả năng miễn dịch-L. chúng tôi tìm 107 ĐI điều kiện significantly upreguăn mòn Trong Khả năng miễn dịch-H đấu với Khả năng miễn dịch-L, và 136 ĐI điều kiện dấu hiệuvui vẻ điều tiết Trong Khả năng miễn dịch-M đấu với Khả năng miễn dịch-H (Bổ sung Quả sung. S1B, C, D). Như kỳ vọng, này ĐI điều kiện chủ yếu là có liên quan Trong các Quy định của các miễn dịch hệ thống. Collecchăm chỉ, này kết quả biểu thị cái đó các chủ nhà miễn dịch phản ứng đến SARS-CoV-2 Là significantly khác nhau từ cái đó của các khác vi rút và cái đó SARS-CoV-2 sự nhiễm trùng có thể ảnh hưởng các chủ nhà trao đổi chất chuyên nghiệpcess và bộ gen sự ổn định.
Quả sung. 4. Hiệp hội giữa miễn dịch chữ ký và lâm sàng Tính năng, đặc điểm Trong COVID-19 người bệnh. (A) So sánh của các làm giàu cấp độ của 27 miễn dịch chữ ký giữa ICU và không-ICU các trường hợp. Hai-có đuôi Sinh viên's t-kiểm tra P giá trị là chỉ ra. (B) Bản đồ nhiệt hiển thị Spearman mối tương quan giữa các làm giàu cấp độ của 27 miễn dịch chữ ký và lâm sàng thông số Trong COVID-19. * P<0. 05, **P<0. 01, ***P<0. 001.Các kết quả Trong (A, B) là thu được qua phân tích các tập dữ liệu GSE157103.
3.3. Gene mô-đun làm giàu Trong miễn dịch kiểu phụ và bệnh tật
chúng tôi đã sử dụng WGCNA [7] đến nhận định tương tự co-biểu hiện mô-đun gen cái đó phân biệt người bệnh qua kiểu phụ (Khả năng miễn dịch-H,Khả năng miễn dịch-M, và Khả năng miễn dịch-L) hoặc dịch bệnh (COVID-19, Trongfluenza,và RSV). chúng tôi nhận dạngfied 12 gien mô-đun nhấn mạnh Trong màu sắc khác nhau: màu xanh ngọc, màu xanh lá, màu đỏ tía, rám nắng, đỏ tươi, màu vàng, màu xanh da trời, nâu,màu đen, Hồng, màu xanh lá-màu vàng, và màu đỏ (Quả sung. 3A). Như kỳ vọng, miễn dịch phản ứng, a Tiêu biểu ĐI kỳ hạn vì các màu vàng mô-đun,là cao làm giàu Trong Khả năng miễn dịch-H đấu với Khả năng miễn dịch-M và miễn dịch-L (r = 0.26, P = 4.0 x 10 — 14 ). Các Lan tỏa phiên mãlà cũng cao làm giàu Trong Khả năng miễn dịch-H (r = 0.77, P = 3.0 x 10 — 160 ), trong khi nó là bần cùng Trong Khả năng miễn dịch-M (r = —0.28, P = 2 .0 x 10 — 16 ) và Khả năng miễn dịch-L (r = —0.47, P = 2.0 x 10 —46 ). Nó Là rea-
hợp lý tại vì cao cấp độ của Lan tỏa nhân rộng có thể gây ra a stronmầm chủ nhà miễn dịch phản ứng. Các ngoại bào ma trận là rất phong phú Trong Khả năng miễn dịch-M (r = 0.47, P = 2.0 x 10 —46 ), trong khi nó đã bị kiểm soát Trong Khả năng miễn dịch-H (r = —0.52, P = 1.0 x 10 —57 ). Sự phòng vệ phản ứng đến vi-rút là cũng điều tiết Trong Khả năng miễn dịch-M (r = 0.12, P = 5.0 x 10 —4 ), trong khi nó là kiểm soát thấp trong miễn dịch-L (r = —0.15, P = 1.0 x 10 —5 ) và cho thấy không signifikhông thể tương quan với Khả năng miễn dịch-H (r = 0.045, P = 0.2). Nó chỉ ra miễn dịch đó-M và Khả năng miễn dịch-L có các mạnh nhất và phòng thủ yếu nhất phản ứng đến vi-rút sự nhiễm trùng giữa các số ba kiểu phụ.Các biểu mô tế bào sự sinh sôi nảy nở là cao làm giàu Trong Khả năng miễn dịch- L và Khả năng miễn dịch-M, trong khi nó là kiểm soát thấp Trong Khả năng miễn dịch-H.
Tương tự như vậy, WGCNA nhận dạngfied 12 gien mô-đun cái đó signifikhông thể phân biệt này người bệnh qua dịch bệnh (COVID-19, Trongfluenza, và RSV) (Quả sung. 3B). Đáng chú ý, mười gien mô-đun hiển thị cao hơn làm giàucố vấn Trong COVID-19 quan hệ đến Trongfluenza và RSV. một cách thú vị, miễn dịch phản ứng là cao làm giàu Trong COVID-19 đấu với bệnh cúm và RSV (r = 0.46, P = 8.0 x 10 —44 ). Các phòng thủ phản ứng vi rút là cũng làm giàu Trong COVID-19 so đến Trongfluenza và RSV (r = 0.1, P = 0.004). Nó gợi ý cái đó COVID-19 người bệnh có một mạnh mẽ hơn miễn dịch phản ứng đến vi-rút sự nhiễm trùng hơn Trongfluenza và RSV người bệnh, cái mà có thể thì là ở mô tả như một Trongflammatory phản ứng với kháng nguyên kích thích. Trong phép cộng, hai gien mô-đun vì cái mà trả lờibực bội ĐI điều kiện là nhân tế bào và nhiễm sắc thể, tương ứng,là significantly điều tiết Trong COVID-19. Trong tương phản, các phiên mã vi rút là significantly kiểm soát thấp Trong COVID-19 so với trongfluenza và RSV (r = —0.72, P = 6.0 x 10 — 127 ).
3.4. Hiệp hội giữa miễn dịch chữ ký và lâm sàng Tính năng, đặc điểm Trong
COVID- 19 người bệnh
chúng tôi hơn nữa đã phân tích hiệp hội giữa các 27 miễn dịch dấu hiệubản chất và lâm sàng Tính năng, đặc điểm Trong COVID-19 người bệnh Trong GSE157103.Các lâm sàng Tính năng, đặc điểm bao gồm ICU, các Nhọn Sinh lý học và mãn tính Sức khỏe Sự đánh giá (TIẾP CẬN II), các Tuần tự Đàn organ Thất bạiurê Thẩm định, lượng định, đánh giá (GHẾ SÔ PHA), Charlson ghi bàn, C-Hồi đáp nhanh Chất đạm (CRP), D-ăn tối, ferritin, fibrinogen, bệnh viện tự do ngày (45 ngày theo dõi-lên), lactate, procalcitonin, và máy thở-tự do ngày. Cả hai APACHE II và GHẾ SÔ PHA điểm số đo lường các mức độ nghiêm trọng của ICU người bệnh [25]. Charlson ghi bàn dự đoán các mười-năm tử vong vì a bệnh nhân với một phạm vi của bệnh đi kèm các điều kiện [26]. Các CRP, D-ăn tối, ferritin, fibrinogen, lactate, và procalcitonin là phòng thí nghiệm các phép đo có cao cấp độ là tương quan với các mức độ nghiêm trọng của COVID-19 [27]. Đáng chú ý, chúng tôi tìm cái đó 20 miễn dịch chữ ký có significantly thấp hơn làm giàu cấp độ (ssGSEA điểm số) Trong ICU hơn trong không-ICU người bệnh (P<0. 05) (Quả sung. 4A). Chỉ có hai miễn dịch chữ ký(loại hình II IFN phản ứng và Trongflammatory cytokine) có signifikhông thể cao hơn ssGSEA điểm số Trong ICU hơn Trong không-ICU người bệnh. Hơn thế nữa,phần lớn của này miễn dịch chữ ký' ssGSEA điểm số là liên quan tới nhau một cách tiêu cực với các cấp độ của CRP, D-ăn tối, ferritin, fibrinogen, lactate, và procalcitonin (Quả sung. 4B). Trong tương phản, a số đông của những miễn dịch này chữ ký' ssGSEA điểm số là tích cực tương quan miễn phí bệnh việnngày và máy thở-tự do ngày. Gọi chung, Những kết quả này gợi ý cái đó cao miễn dịch chữ ký là rất có thể đến Được liên kết với a tốt hơn tiên lượng Trong COVID-19 người bệnh.
4. Thảo luận và kết luận
Hô hấp đường sự nhiễm trùng Là chịu trách nhiệm vì Thái quá dịch bệnh gánh nặng[28]. Các bẩm sinh và thích nghi miễn dịch phản hồi đến vi-rút đường hô hấp sự nhiễm trùng là phê bình vì duy trì a khỏe mạnh hô hấp hệ thống và ngăn cản phổi dịch bệnh [29]. Mặc dù COVID-19 chia sẻ chắc chắn sơ đẳng triệu chứng với Trongfluenza và RSV [30,31],nó là khả năng truyền và sự hủy diệt xa quá Trongfluenza và RSV [1]. Các độc nhất chủ nhà miễn dịch phản ứng Trong COVID-19 bệnh nhân có thể rất nhiều Góp phần đến đây dịch bệnh's cao khả năng truyền và sự hủy diệt [32]. Vì thí dụ, SARS-CoV-2 sự nhiễm trùng có thể không luôn luôn thuê interferon sản xuất nhưng sự chậm trễ hoặc ngăn chặn interferon II hoặc III sản xuất Trong phổi khăn giấy [33].
Trên sự nhiễm trùng, các Trongfluenza vi-rút Là được công nhận qua chủ nhà tế bào thông qua mầm bệnh-có liên quan phân tử hoa văn (PAMP) [34].PAMP là được công nhận qua TLR, GIÀN KHOAN-I, và NLRP3 đến phát ra chuyên nghiệp-Trongflammatory cytokine và loại hình I interferon sản xuất, trong đó có mạnh kháng vi-rút hoạt động qua hạn chế vi-rút nhân rộng Trong Tế bào chủ. Loại hình I interferon có thể gây ra STAT sự kích hoạt và phiên mã của các interferon-kích thích gien đến Trongfluence bẩm sinh và thích nghi miễn dịch phản hồi. Hơn nữa, chủ nhà miễn dịch tế bào tuyển dụng phế nang đại thực bào đến hoạt động apoptotic Trongflvi rút cúm-bị lây nhiễm tế bào, trong khi máu-nguồn gốc đại thực bào bị nhiễm do Trongfluenza vi rút sản xuất lớn lượng của chuyên nghiệp-Trongflammatory cytokine [34]. RSV sự nhiễm trùng khơi gợi a mạnh miễn dịch bẩm sinh phản ứng, đặc biệt hô hấp đường bạch cầu trung tính phản ứng[35]. Các đỉnh cao của bạch cầu trung tính phản ứng thường đồng tình với maxi-mẹ lâm sàng mức độ nghiêm trọng và Lan tỏa trọng tải. Tuy nhiên, tại vì RSV sự nhiễm trùng có thể giảmcácThiên nhiên sát thủ (NK) tế bào đếm đến điều tiết trongflammatory phản ứng, a thấp hơn NK tế bào đếm Là tương quan với nhiều hơn nữa nghiêm túc sự nhiễm trùng [36]. Trên nhọn sự nhiễm trùng, các miễn dịch thích ứng phản ứng giữa RSV người bệnh Là đã kích hoạt thông qua CD tuyển dụng8thêmT tế bào đến xa lạ vi rút. Trong khi đó, B tế bào chơi một vai trò quan trọng Trong các sản xuất của bảo vệ kháng thể. RSV sự nhiễm trùng cũng kích hoạt interferon II sản xuất, cái mà vở kịch a mạnh vai trò bảo vệ chống lại vi-rút sự nhiễm trùng [37]. Của chúng tôi kết quả chứng minh so sánh đến COVID-19, Trongfluenza và RSV người bệnh gợi ra a stronmầm bẩm sinh miễn dịch phản ứng, e.g., hơn interferon I sản xuất,đại thực bào, NK tế bào, và có đuôi gai tế bào. Hơn nữa, Trongfluenzavà RSV người bệnh gợi ra a mạnh mẽ hơn thích nghi miễn dịch phản hồi được mô tả qua hơn B và T tế bào sản xuất.
So đến Trongfluenza và RSV, COVID-19 Là rất có thể đến hiển thị thấp hơn miễn dịch chữ ký và cao hơn IFN II sản xuất, dẫn tới nghèo tiên lượng và tệ hơn kết quả. Các bẩm sinh và miễn dịch thích ứng phản hồi là significantly thấp hơn Trong COVID-19 hơn bên trong khác vi rút-bị lây nhiễm người bệnh, trong khi protein hóa trị-1 (IL-6) Là điều tiết Trong COVID-19 người bệnh. Trong khi đó,chúng tôi tìm cái đó chuyên nghiệp-Trongflammatory cytokine là cao hơn đáng kể Trong COVID-19 hơn Trong Trongfluenza và RSV người bệnh. Trong tương phản,chống lại-Trongflammatory cytokine là significantly thấp hơn Trong COVID-19người bệnh, cái mà có thể mô tả các cytokine bão táp giữa COVID- 19 người bệnh. một cách thú vị, COVID-19 người bệnh hiển thị a biểu hiện cao hơn của ly giải tế bào perforin hơn các người bệnh bị lây nhiễm với khác vi rút. Tuy nhiên, từ perforin's quan trọng vai diễn dối trá bên trong độc tế bào hoạt động chống lại mầm bệnh, khác thường sản xuất điều này chất đạm có thể thì là ở có tinh thần trách nhiệm vì Sức cản đến các hoạt động độc tế bào của NK và đĩa CD8thêmT tế bào. Nó có đã cho xem cái đó mầm bệnh mục tiêu tế bào có thể thuê nhiều thoát khỏi cơ chế chống lại perforin hoạt động [38].
Các nhóm lại phân tích cho thấy cái đó Khả năng miễn dịch-M và miễn dịch-L ấp ủ80 phần trămcủa COVID-19 người bệnh, gợi ý mà hầu hết COVID-19 người bệnh có một không thỏa đáng miễn dịch phản ứng vi rút sự nhiễm trùng. Hơn nữa, chúng tôi tìm cái đó phân tử và đặc điểm lâm sàng là significantly khác nhau giữa COVID-19 người bệnh trong miễn dịch-M và Khả năng miễn dịch-H. Vì thí dụ, Khả năng miễn dịch-M bệnh nhân đã significantly cao hơn biểu hiện cấp độ của ÁT CHỦ2 và IL-6 trong khi thấp hơn Lan tỏa tải hơn Khả năng miễn dịch-H người bệnh. Khả năng miễn dịch-M bệnh nhân đã trẻ hơn hơn Khả năng miễn dịch-H người bệnh. Các thấp hơn Lan tỏa tải trong miễn dịch-M hơn Trong Khả năng miễn dịch-H người bệnh có thể giải thích tại sao trước đây có a yếu hơn miễn dịch phản ứng hơn các sau này. Trong phép cộng,chúng tôi tìm cái đó các biểu hiện cấp độ của ÁT CHỦ2 và IL-6 có a tương quan tiêu cực với Lan tỏa tải Trong COVID-19 người bệnh. Các phủ địnhsự kết hợp giữa ÁT CHỦ2 và Lan tỏa tải có thể thì là ở quy kết đến điều đó ÁT CHỦ2 có thể giảm Lan tỏa tải [39].
một cách thú vị, trẻ hơn COVID-19 người bệnh có a thấp hơn phản ứng miễn dịch và ít hơn Lan tỏa tải Trong Khả năng miễn dịch-M hơn lớn hơn bệnh nhân ở Khả năng miễn dịch-H. A tiềm năng giải trình có thể thì là ở cái đó các miễn dịchhệ thống Là thường rối loạn chức năng và không đồng nhất Trong lớn hơn Mọi người[40]. Xuyên qua sự lão hóa, các miễn dịch hệ thống thường thay đổi Trong hai cách[40]. Một Là sự phát sinh miễn dịch; cái đó Là, rối loạn chức năng tế bào trở nên biểu sinh bị khóa vào trong a chuyên nghiệp-Trongflammatory tiểu bang, tiết ra cytokine và chemokine. Các khác một Là Trongflamm-sự lão hóa phát sinhtừ các hoạt động quá mức và không hiệu quả báo động hệ thống [40]. Trong phép cộng,khi nào người già phế nang TLR phát hiện các mầm bệnh, họ đáp ứng bằng cách sản xuất loại hình I interferon đến thu hút miễn dịch tế bào đến các Địa điểm nhiễm trùng. Hơn nữa, Mặc du các con số của đại thực bào tăng lên với tuổi tác, của chúng độ dẻo đến đổi giữaủng hộ vàchống lại-Trongflammatory Những trạng thái Là giảm [33]. Vì vậy, các miễn dịch cao hơn chữ ký Trong Khả năng miễn dịch-H là rất có thể đến thì là ở có liên quan bị rối loạn chức năng miễn dịch phản hồi Trong lớn hơn COVID-19 người bệnh, chỉ huy-ing đến tệ hơn lâm sàng kết quả, như Được Quan sát Trong các Trước kết quả.ngoài ra, chúng tôi tìm cái đó IFITM3, a gien đang chơi a phê bình vai diễn Trong chuyên nghiệpmoting các miễn dịch hệ thống's phòng thủ chống lại vi rút, làđáng kể kiểm soát thấp Trong COVID-19 đấu với Trongfluenza và Bệnh nhân RSV. Lại, nó gợi ý một không thỏa đáng miễn dịch phản ứng trong COVID-19 đấu với Trongfluenza và RSV người bệnh, Mặc du các cấp độ, mức độ chuyên nghiệp-Trongflammatory cytokine là đáng kể cao hơn Trong COVID- 19 hơn Trong Trongfluenza và RSV người bệnh.
Trong phép cộng đến các những con đường của miễn dịch phản hồi, một số metabolic những con đường là rối loạn điều tiết Trong COVID-19 người bệnh. Những chuyển hóa những con đường là có liên quan Trong các khác thường hoạt động củacácmitochondrial hô hấp chuỗi, phủ định Quy định của báo hiệu người thụ cảm hoạt động , rối loạn điều tiết của ngoại bào ma trận ràng buộc,rối loạn điều tiết của nucleoside phốt phát dị hóa quá trình, Quy định của cytokinesis, và hóa chất điều trị, Quy định của ĐKTC báo hiệu,và giảm phổi hàm số. Này dữ liệu có thể giải thích tại sao nhiều COVID-19 người bệnh trưng bày dữ dội tim mạch và phổi vết thương [41]. Hơn thế nữa, các ngoại bào ma trận quy định là làm giàu Trong một số COVID-19 người bệnh, cái mà vở kịch a thiết yếu đóng vai trò trong thiết lập và duy trì miễn dịch cân bằng nội môi [42]. Cũng thế,chúng tôi tìm a mạnh tương quan giữa trao đổi chất rối loạn điều tiết vàdi truyền học miễn dịchTrong COVID-19 người bệnh. Vì thí dụ, sự làm giàu cấp độ của MHC lớp 1 là tích cực tương quan với giảm phổi hàm số, ngoại bào ma trận ràng buộc,khác thường hoạt động của ty thể hô hấp chuỗi, bất thường của các màng ngăn, tích cực Quy định của DNA trao đổi chất quá trình,và phủ định Quy định của ToR báo hiệu. Trong tương phản, họ tiêu cực tương quan với các Quy định của tích cực hóa chất điều trị.Quy định của tích cực hóa chất điều trị và tích cực Quy định của cytokinesis là tiêu cực có liên quan với phần lớn của các 27miễn dịch chữ ký, trong khi các khác thường hoạt động của các ty thể hô hấp chuỗi là tích cực có liên quan với a đa số này miễn dịch chữ ký (Bổ sung Quả sung. S2).
Của chúng tôi kết quả cũng cho thấy cái đó một số COVID-19 người bệnh có mạnh mẽ hơn miễn dịch phản ứng hơn khác COVID-19 người bệnh, trong khi những người bệnh thường có hơn dữ dội lâm sàng kết quả. Các Nguyên nhân chính có thể thì là ở cái đó của chúng hyperinflammatory sự phản ứng lại đến SARS-CoV-2 sự nhiễm trùng, đã biết như cytokine bão táp [43 44], kết quả Trong nghiêm túc đàn organ chấn thương. ngoài ra, của chúng tôi kết quả cho thấy cái đó ÁT CHỦ2 biểu hiện cấp độ là significantly thấp hơn Trong sự miễn nhiễm-H hơn trong khả năng miễn dịch-M và sự miễn nhiễm-L. Nó chỉ ra cái đó ÁT CHỦ2 điều tiết có thể chỉ huy đến kháng vi-rút ức chế miễn dịch đến gây ra a tệ hơn tiên lượng Trong COVID-19 người bệnh [45,46].
Mặc dù của chúng tôi nghiên cứu cung cấp a mạnh cơ sở vì hơn nữa cuộc điều tra vào trong khác nhau miễn dịch học chuyên nghiệpfiles của COVID-19, Trongfluenza,và RSV người bệnh, nó Nên thì là ở lưu ý cái đó đây nghiên cứu có một số hạn chế. Ngày thứ nhất, ở đó là insufficient lâm sàng dữ liệu (e.g., Mức độ nghiêm trọng của bệnh) có liên quan với của chúng tôi phân tích, đặc biệt vì Trongfluenza và RSV người bệnh. Thứ hai, đây nghiên cứu là tiến hành không có lừa đảobên cạnh các người bệnh' cơ bản dịch bệnh lịch sử quá hạn đến giới hạn chi tiết dữ liệu có sẵn. Cuối cùng, đây nghiên cứu's cơ bản Thiên kiến trong nghiên cứu thiết kế, bệnh nhân quần thể, nguồn khăn giấy, và lỗi kỹ thuật không thể thì là ở cai trị ngoài như dư làm nhiễu. Tuy nhiên, Dữ liệu của chúng tôi còn cung cấp a xa lạ cái nhìn thấu suốt vào trong các Sự khác biệt Trong phản ứng miễn dịch giữa COVID-19, Trongfluenza, và RSV người bệnh. Các dấu hiệunificantly khác nhau miễn dịch phản hồi Trong khác nhau COVID-19người bệnh có thể thì là ở có tinh thần trách nhiệm vì significantly khác nhau lâm sàng kết quả giữa COVID-19 các trường hợp. 5. Đạo đức phê duyệt và bằng lòng đến tham dự
Đạo đức phê duyệt và bằng lòng đến tham dự là được miễn kể từ khi chúng tôi đã sử dụng chỉ có công khai có sẵn dữ liệu và vật liệu Trong đây nghiên cứu.
6. Bằng lòng vì sự xuất bản
Không áp dụng.
Kinh phí
Đây công việc là được hỗ trợ qua các Khoa học và Công nghệ Dự án của Cổ truyền người Trung Quốc Dược phẩm Trong Chiết giang Địa bàn tỉnh (ban cho con số: 2017ZKL003).
Tín dụng quyền tác giả sự đóng góp bản tường trình
Zeinab Abdelrahman: Khái niệm hóa, Phương pháp luận, Phần mềm, Thẩm định, Chính thức phân tích, Cuộc điều tra, Dữ liệu giám tuyển,Hình dung, Viết - nguyên bản dự thảo. Zuobing Chen: Phương pháp luận, Phần mềm, Thẩm định, Chính thức phân tích, Cuộc điều tra, Dữ liệu curasự, Hình dung, Kinh phí thu mua. Haoyu Lyu: Phần mềm,Thẩm định, Chính thức phân tích, Cuộc điều tra, Dữ liệu giám tuyển, Hình dung. Xiaosheng Wang: Khái niệm hóa, Phương pháp luận,Tài nguyên, Cuộc điều tra, Viết - kiểm tra lại & chỉnh sửa, Giám sát,Dự án sự quản lý, Kinh phí thu mua.
Tờ khai của Cạnh tranh Quan tâm
Các các tác giả tuyên bố cái đó họ có không đã biết cạnh tranh financial sở thích hoặc riêng tư các mối quan hệ cái đó có thể có xuất hiện Trongfluence các công việc báo cáo Trong đây giấy.
Sự nhìn nhận
Không có sẵn.
ruột thừa A. Bổ sung dữ liệu
Bổ sung dữ liệu đến đây bài báo có thể thì là ở tìm Trực tuyến tạihttps://doi.tổ chức/10.1016/j.csbj.2021.04.043.
Người giới thiệu
[1] Trung tâm, J.H.C.R. COVID-19 Bản đồ. 2020; Có sẵn từ: https://virus corona.jhu.edu/bản đồ.html.
[2] Cao B, Wang Y, Ôn D, Liu W, Wang J, Quạt G, et al. A Thử nghiệm của Lopinavir-Ritonavir Trong Người lớn Nhập viện với Dữ dội Covid-19. N Engl J Med 2020;382 (19):1787–99. https://doi.tổ chức/10.1056/NEJMoa2001282.
[3] Z. Abdelrahman M. Li X. Wang 11 10.3389/fimmu.2020.552909 10.3389/fimmu.2020.552909.s001.
[4] Miller C, O'Sullivan J, Jeffrey J, Quyền lực D. Brachial Đám rối Bệnh thần kinh Trong COVID-19 Dịch bệnh: A Hồi tưởng Trường hợp Loạt của 15 Người bệnh Trong Chăm sóc quan trọng. Thể chất Ther. 2021;101(1):pzaa191. doi:10.1093/pzaa191.
[5] Shanks GD. COVID-19 đấu với các 1918 Trongfluenza dịch bệnh: khác nhau vi-rút,khác nhau tuổi tác tử vong hoa văn. J Đi du lịch Med. 2020;27(5):taaa086.doi:10.1093/Công việc/taaa086.
[6] Li M, Zhang Z, Cao W, Liu Y, Du B, Chen C, et al. Nhận dạng cuốn tiểu thuyết các yếu tố liên quan với COVID-19 truyền tải và tử vong sử dụng các máy học cách tiếp cận. Khoa học Tổng cộng Môi trường 2021;764:142810. https://doi.tổ chức/ 10.1016/j.scitotenv.2020.142810.
[7] Langfelder P, Horvath S. WGCNA: một R bưu kiện vì có trọng lượng mạng tương quan phân tích. BMC Tin sinh học. 2008;9:559. Được phát hành 2008 Tháng mười hai 29.doi:10.1186/1471-2105-9-559.
[8] Tufan A, Avano
lu Güler A, Matucci-Cerinic M. COVID-19, miễn dịch phản hồi hệ thống, hyperinflammation và tái định vị chống suy nhược ma túy. Người Thổ Nhĩ Kỳ J
Med Khoa học. 2020;50(SI-1):620-632. Được phát hành 2020 Tháng tư 21. doi:10.3906/chùng xuống- 2004-168.
[9] Della-Torre E, Campochiaro C, Cavalli G, De Luca G, Napolitano A, La Marca S,et al. Interleukin-6 sự phong tỏa với sarilumab Trong dữ dội COVID-19 viêm phổivới có hệ thống hyperinflammation: một mở-nhãn mác đội quân nghiên cứu. Ann Rheum Dis2020;79(10):1277–85. https://doi.tổ chức/10.1136/annrheumdis-2020-218122.
[10] Giamarellos-Bourboulis EJ, Netea MG, Rovina N, Akinosoglou K, Antoniadou A,Antonakos N, et al. Tổ hợp Miễn dịch Điều tiết Trong COVID-19 Người bệnh với Nghiêm trọng Hô hấp Thất bại. Tế bào Chủ nhà Vi khuẩn 2020;27(6):992– 1000.e3. https://doi.tổ chức/10.1016/j.chom.2020.04.009.
[11] Ragab D, Salah Eldin H, Taeimah M, Khattab R, Salem R. Các COVID-19Cytokine Bão táp; Gì chúng tôi Biết Vì thế Xa. Đổi diện Immunol. 2020;11:1446.Được phát hành 2020 Tháng sáu 16. doi:10.3389/fimmu.2020.01446.
[12] Lieberman NGỦ TRƯA, Peddu V, Xie H, et al. Trong vivo kháng vi-rút chủ nhà phản hồi phiên mã đến SARS-CoV-2 qua Lan tỏa trọng tải, tình dục, và tuổi tác. PLoS Biol. 2020;18(9): e3000849. Được phát hành 2020 Tháng chín 8. doi:10.1371/tạp chí.sinh học.3000849.
[13] Arunachalam PS, Wimmers F, Mok CKP, Perera RAPM, Scott M, Hagan T, et al.Hệ thống sinh học thẩm định, lượng định, đánh giá của sự miễn nhiễm đến nhẹ đấu với dữ dội COVID-19sự nhiễm trùng Trong con người. Khoa học 2020;369(6508):1210–20. https://doi.tổ chức/ 10.1126/khoa học:abc6261.
[14] Mick E, Kamm J, Pisco AO, et al. Phía trên khí đạo gien biểu hiện phân biệt COVID-19 từ khác nhọn hô hấp bệnh tật và tiết lộ sự đàn áp bẩm sinh miễn dịch phản hồi qua SARS-CoV-2. Bản in trước. medRxiv 2020;2020(05). https://doi.tổ chức/10.1101/2020.05.18.20105171. Được phát hành 2020 Có thể 19.
[15] Overmyer KA, Shishkova E, Miller IJ, Balnis J, Bernstein MN, Peters-Clarke TM,et al. Lớn-Tỉ lệ Đa-omic Phân tích của COVID-19 Mức độ nghiêm trọng. Tế bào Syst. 2021;12 (1):23–40.e7. https://doi.tổ chức/10.1016/j.cels.2020.10.003.
[16] Altman MC, Baldwin N, Whalen E, et al. A Hệ Phiên mã Lấy dấu vân tay Khảo nghiệm vì. Lâm sàng Miễn dịch Giám sát. 2019:587295.
[17] Herberg JA, Kaforou M, Gormley S, et al. Transcriptomic chuyên nghiệpfiling Trong thời thơ ấu H1N1/09 Trongfluenza tiết lộ giảm biểu hiện của chất đạm sự tổng hợp gien. J lây nhiễm Dis. 2013;208(10):1664-1668. doi:10.1093/chỉ số/jit348
[18] Bonifacius A, Tischer-Zimmermann S, Rồng AC, Gussarow D, Vogel A, Krettek U, et al. COVID-19 miễn dịch chữ ký bộc lộ ổn định kháng vi-rút T tế bào chức năng mặc dù suy giảm thuộc về thể chất phản hồi. Khả năng miễn dịch 2021;54(2):340–354.e6. https://doi.tổ chức/10.1016/j.thuốc miễn dịch.2021.01.008.
[19] Laing AG, Lorenc A, Del Molino Del Barrio I, et al. A năng động COVID-19 chữ ký miễn dịch bao gồm hiệp hội với nghèo tiên lượng [được phát hành sửa chữa xuất hiện Trong Nat Med. 2020 Tháng chín 9;:] [được phát hành điều chỉnh xuất hiện Trong Nat Med.
2020 Tháng mười hai;26(12):1951]. Nat Med. 2020;26(10):1623-1635. doi:10.1038/ s41591-020-1038-6.
[20] Paget C, Trottein F. COVID-19, vàflu: bảo tồn hoặc cụ thểfic chữ ký miễn dịch?. Tế bào Mol Immunol 2021;18(2):245–6. https://doi.tổ chức/10.1038/ s41423-020-00595-3.
[21] Anh ta Y, Giang Z, Chen C, Wang X. Classification của gấp ba-phủ định nhũ hoa ung thư dựa trên trên Miễn dịch học chuyên nghiệpfiling. J Hết hạn Clin Sự xấu xa Res. 2018;37(1):327.Được phát hành 2018 Tháng mười hai 29. doi:10.1186/s13046-018-1002-1.
[22] Hänzelmann S, Castelo R, Guinney J. GSVA: gien bộ biến thể phân tích cho microarray và RNA-seq dữ liệu. BMC Tin sinh học. 2013;14:7. Được phát hành 2013Tháng một 16. doi:10.1186/1471-2105-14-7.
[23] Subramanian A, Kuehn H, Gould J, Tamayo P, Mesirov JP. GSEA-P: a Ứng dụng máy tính để bàn vì Gene Bộ Làm giàu Phân tích. Tin sinh học 2007;23 (23):3251–3. https://doi.tổ chức/10.1093/tin sinh học/btm369.
[24] Hoffmann M, Kleine-Weber H, Schroeder S, Krümầm N, Herrler T, Erichsen S,et al. SARS-CoV-2 Tế bào Lối vào Phụ thuộc trên ÁT CHỦ2 và TMPRSS2 và Là Bị chặn bởi một Lâm sàng Chứng minh Protease Chất ức chế. Tế bào 2020;181(2):271–280.e8. https:// doi.tổ chức/10.1016/j.tế bào.2020.02.052.
[25] Knaus WA, Draper EA, Wagner DP, Zimmerman JE. TIẾP CẬN II: a mức độ nghiêm trọng bệnh tật classification hệ thống. Crit Quan tâm Med. 1985;13(10):818-829.
[26] Charlson TÔI, Pompei P, Ales KL, MacKenzie CR. A Mới phương pháp của phân loại tiên lượng bệnh đi kèm Trong theo chiều dọc học: sự phát triển và Thẩm định. J mãn tính Dis 1987;40(5):373–83. https://doi.tổ chức/10.1016/0021-9681(87) 90171-8.
[27] Terpos E, Ntanasis-Stathopoulos I, Elalamy I, et al. Huyết học fimối quan hệ và các biến chứng của COVID-19. Là J Hematol 2020;95(7):834–47. https://doi.tổ chức/ 10.1002/ajh.25829.
[28] Pavia TẠI. Lan tỏa nhiễm trùng của các thấp hơn hô hấp đường: cũ vi rút, vi rút mới, và các vai diễn của chẩn đoán. Clin Lây nhiễm Dis 2011;52(Phần bổ sung 4): S284–9. https://doi.tổ chức/10.1093/cid/vòng tròn043.
[29] Newton AH, Cardani A, Braciale TJ. Các chủ nhà miễn dịch phản ứng Trong vi-rút đường hô hấp sự nhiễm trùng: thăng bằng vi-rút giải tỏa và bệnh học miễn dịch. SeminImmunopathol 2016;38(4):471–82. https://doi.tổ chức/10.1007/s00281-016-
[30] Asakawa S, Namkoong Ho, Mitamura K, Kawaoka Y, Saito F. Co-sự nhiễm trùng với SARS-CoV-2 và Trongfluenza A vi-rút. các trường hợp 2020;20:e00775. https://doi.tổ chức/ 10.1016/j.idcr.2020.e00775.
[31] Schwartz DA, Dhaliwal A. NHIỄM TRÙNG TRONG THAI KỲ VỚI COVID-19 VÀRNA V HÔ HẤP KHÁCIRUS BỆNH TẬT LÀ ÍT KHINẾU BAO GIỜ,ĐÃ CHUYỂN ĐẾN CÁC THAI NHI: KINH NGHIỆM VỚI VI-RÚT CORONA, HPIV,hMPV RSV, VÀ INFLUENZA [được phát hành Trực tuyến phía trước của in, 2020 Tháng tư 27].Vòm Pathol Phòng thí nghiệm Med. 2020;10.5858/arpa.2020-0211-SA. doi:10.5858/arpa.2020-0211-SA.
[32] Grifoni Alba, Weiskopf Daniela, Ramirez Sydney I, Mateus Jose, Dan Jennifer M,Moderbacher Carolyn Rydyznski, et al. Mục tiêu của T Tế bào Phản hồi đến SARS-CoV-2 Virus corona Trong Con người với COVID-19 Bệnh và Cá nhân không được phơi sáng. Tế bào 2020;181(7):1489– 1501.e15. https://doi.tổ chức/10.1016/ j.tế bào.2020.05.015.
[33] Winkler ES, Bailey AL, Kafai NM, et al. SARS-CoV-2 sự nhiễm trùng của Nhân loại ÁT CHỦ2-chuyển gen chuột nguyên nhân dữ dội phổi Trongflammation và suy yếu hàm số[được phát hành điều chỉnh xuất hiện Trong Nat Immunol. 2020 Tháng chín 2;:]. Nat Immunol. 2020;21(11):1327-1335. doi:10.1038/s41590-020-0778-2.
[34] Kreijtz JH, Fouchier RA, Rimmelzwaan GF. Miễn dịch phản hồi đến Trongflvi rút cúm sự nhiễm trùng. Vi-rút Res 2011;162(1–2):19–30. https://doi.tổ chức/10.1016/j. virusres.2011.09.022.
[35] Lukens Michaël V, xe van de Pol Alma C, Coenjaerts Frank EJ, Jansen Nicolaas JG,Kamp Vera M, Kimpen Tháng một LL, et al. A có hệ thống bạch cầu trung tính phản ứng đi trước mạnh mẽ đĩa CD8 (cộng)T-tế bào sự kích hoạt suốt trong Thiên nhiên hô hấp hợp bào lây nhiễm vi-rút Trong trẻ sơ sinh. J Virol 2010;84(5):2374–83. https://doi.tổ chức/10.1128/ JVI.01807-09.
[36] Welliver Timothy P, Garofalo Roberto P, Hosakote Yashoda, Hintz Karen H,Avendano Luis, Sanchez Katherine, et al. Dữ dội Nhân loại thấp hơn hô hấp bệnh đường gây ra qua hô hấp hợp bào vi-rút và Trongfluenza vi-rút Là đặc trưng bởi các vắng mặt của phổi độc tế bào tế bào bạch huyết phản hồi. J Lây nhiễm Dis2007;195(8):1126–36. https://doi.tổ chức/10.1086/52247510.1086/512615.
[37] Russell đĩa CD, Unger SA, Walton M, Schwarze J. Các Nhân loại Miễn dịch Phản ứng hô hấp Hợp tác Vi-rút Sự nhiễm trùng. Clin Microbiol Rev 2017;30(2):481–502. https://doi.tổ chức/10.1128/CMR.00090-16.
[38] Osin´ska I, Popko K, Demkow U. Perforin: một quan trọng người chơi Trong phản ứng miễn dịch. Cent Eur J Immunol. 2014;39(1):109– 15. https://doi.tổ chức/10.5114/ ceji.2014.42135.
[39] Monteil Vanessa, Kwon Hye-soo, Prado Patricia, Hagelkrüys Astrid, Wimmer Reiner A, Stahl Martin, et al. Ức chế của SARS-CoV-2 Nhiễm trùng Trong Kỹ sư con người Khăn giấy Sử dụng Lâm sàng-Lớp Hòa tan Nhân loại ÁT CHỦ2. Tế bào 2020;181 (4):905–913.e7. https://doi.tổ chức/10.1016/j.tế bào.2020.04.004.
[40] Mueller Hổ phách L, McNamara Maeve S, Sinclair David A. Tại sao làm COVID-19không cân xứng ảnh hưởng lớn hơn Mọi người?. Sự lão hóa (Albany NY). 2020;12 (10):9959–81. https://doi.tổ chức/10.18632/sự lão hóa.v12i1010.18632/sự lão hóa.103344.
[41] Gardinassi LG, Souza COS, Việc bán hàng-Campos H, Fonseca SG. Miễn dịchvà trao đổi chất Chữ ký của COVID-19 Tiết lộ qua Transcriptomics Dữ liệu Tái sử dụng.Đổi diện Immunol. 2020;11:1636. Được phát hành 2020 Tháng sáu 26.doi:10.3389/fimmu.2020.01636.
[42] Li Geng, Quạt Yaohua, Lai Yanni, Han Tiantian, Li Zonghui, Zhou Peiwen, et al.Virus corona nhiễm trùng và miễn dịch phản hồi. J Med Virol 2020;92 (4):424–32. https://doi.tổ chức/10.1002/jmv.v92.410.1002/jmv.25685.
[43] Yazdanpanah Fereshteh, Hamblin Michael R, Rezaei Nima. Các Hệ thống miễn dịch và COVID-19: Bạn bè hoặc kẻ thù?. Đời sống Khoa học 2020;256:117900. https://doi. tổ chức/10.1016/j.lfs.2020.117900.
[44] Bài hát C Y, Xu J, Anh ta JQ, Lu YQ. Miễn dịch rối loạn chức năng tiếp theo COVID-19,đặc biệt Trong dữ dội người bệnh. Khoa học Trả lời. 2020;10(1):15838. Được phát hành 2020 Tháng chín28. doi:10.1038/s41598-020-72718-9.
[45] Al-Benna Sammy. Sự kết hợp của cấp độ cao gien biểu hiện của ÁT CHỦ2 Trong mô mỡ với tử vong của COVID-19 sự nhiễm trùng Trong Béo phì người bệnh. Nghĩa vụ Med. 2020;19:100283. https://doi.tổ chức/10.1016/j.obmed.2020.100283.
[46] Wang Q, Zhang Y, Wu L, Ngưu S, Bài hát C, Zhang Z, Lu G, Qiao C, Hu Y, Yuen KY,Wang Q, Zhou H, Yan J, Qi J. Cấu trúc và Chức năng Nền tảng của SARS-CoV-2Lối vào qua Sử dụng Nhân loại ÁT CHỦ2. Tế bào. 2020 Có thể 14;181(4):894-904.e9. DOI: 10.1016/j.tế bào.2020.03.045. Epub 2020 Tháng tư 9. PMID: 32275855; PMCID:
PMC7144619.
