Phần một: Các biến thể rủi ro phổ biến trong NPHS1 và TNFSF15 có liên quan đến hội chứng thận hư nhạy cảm với steroid ở thời thơ ấu

Liên hệ: Audrey Hu Whatsapp / hp: 0086 13880143964 Email:audrey.hu@wecistanche.com

Xiaoyuan Jia1,29,30, Tomohiko Yamamura2,30, Rasheed Gbadegesin3,30, Michelle T. McNulty4,5,30, Kyuyong Song6, China Nagano2, Yuki Hitomi1,31, Dongwon Lee4,5,7, Yoshihiro Aiba8, Seik-Soon Khor1,29, Kazuko Ueno1,29, Yosuke Kawai1,29, Masao Nagasaki9,32, Eisei Noiri10,29, Tomoko Horinouchi2, Hiroshi Kaito2,11, Riku Hamada12, Takayuki Okamoto13, Koichi Kamei14, Yoshitsugu Kaku15, Matthew G. Sampson4,5 , 7, Katsushi Tokunaga1,29 và Kazumoto Iijima2, Rika Fujimaru16, Ryojiro Tanaka11, Yuko Shima17, Nhóm nghiên cứu về di truyền học ở trẻ em vô cănThận hưHội chứngở Nhật Bản33, Jiwon Baek6, Hee Gyung Kang18, Il-Soo Ha18, Kyoung Hee Han19, Eun Mi Yang20, Hiệp hội các bệnh thận di truyền ở trẻ em Hàn Quốc33, Asiri Abeyagunawardena3, Brandon Lane3, Megan Chryst-Stangl3, Christopher Esezobor21,

Cistanche có thể giúp điều trị hội chứng thận hư và tốt cho thận

1 Khoa Di truyền Người, Khoa Y, Đại học Tokyo, Tokyo, Nhật Bản; 2 Khoa Nhi, Trường Cao học Y khoa Đại học Kobe, Kobe, Nhật Bản; Khoa Nhi, Khoa Thận, Trung tâm Y tế Đại học Duke, Durham, Bắc Carolina, Hoa Kỳ; 4 Khoa Y-Thận học, Bệnh viện Nhi Boston, Boston, Massachussetts, Hoa Kỳ; 5 Di truyền Y học và Dân số, Viện Broad, Cambridge, Massachussetts, Hoa Kỳ; 6 Khoa Hóa sinh và Sinh học phân tử, Đại học Y khoa Ulsan, Seoul, Hàn Quốc; Trường Y khoa 7Harvard, Boston, Massachussetts, Hoa Kỳ; 8 Trung tâm Nghiên cứu Lâm sàng, Tổ chức Bệnh viện Quốc gia Trung tâm Y tế Nagasaki, Omura, Nhật Bản; 9 Phòng Genomics Tích hợp, Tổ chức Megabank Y tế Tohoku, Đại học Tohoku, Sendai, Nhật Bản; 10 Khoa lọc máu và lọc máu, Bệnh viện Đại học Tokyo, Tokyo, Nhật Bản; 11 Khoa Thận, Bệnh viện Nhi đồng Kobe, tỉnh Hyogo, Kobe, Nhật Bản; 12 Khoa Thận, Trung tâm Y tế Trẻ em Thủ đô Tokyo, Tokyo, Nhật Bản; 13 Khoa Nhi, Bệnh viện Đại học Hokkaido, Sapporo, Nhật Bản; 14 Khoa Thận và Thấp khớp, Trung tâm Sức khỏe và Phát triển Trẻ em Quốc gia, Tokyo, Nhật Bản; 15 Khoa Thận, Bệnh viện Nhi Fukuoka, Fukuoka, Nhật Bản; 16 Khoa Nhi, Bệnh viện Đa khoa Thành phố Osaka, Osaka, Nhật Bản; 17 Khoa Nhi, Đại học Y Wakayama, Wakayama, Nhật Bản; 18 Khoa Nhi, Bệnh viện Nhi Đại học Quốc gia Seoul, Seoul, Hàn Quốc; 19 Khoa Nhi, Trường Y Đại học Quốc gia Jeju, Jeju, Hàn Quốc; 20 Khoa Nhi, Bệnh viện Nhi Đại học Quốc gia Chonnam, Gwangju, Hàn Quốc; 21 Khoa Nhi, Đại học Y, Đại học Lagos, Lagos, Nigeria; 22 Khoa Nhi, Bệnh viện Giảng dạy Đại học Bang Lagos, Ikeja, Nigeria; 23 Khoa Thận Nhi, Bệnh viện Hỗ trợ Công cộng Paris, Bệnh viện Robert-Debré, Paris, Pháp; 24 Trung tâm Nghiên cứu về Tình trạng Trong bệnh, Viện Quốc gia de la Santé et de la Recherche Médicale UMR 1149, Đại học Sorbonne-Paris, Paris, Pháp; 25 Khoa Thận và Lọc máu, Bệnh viện và Viện Nghiên cứu Trẻ em Bambino Gesù, Rome, Ý; 26 Đại họcSorbonne, INSERM UMR _ S1155, và Bệnh viện Ngày Thận, Khoa Thận, Hôpital Tenon, Paris Pháp; 27 Trung tâm Nghiên cứu Sinh học Vận động, Đại học Kobe Gakuin, Kobe, Nhật Bản; và 28KNC Phòng Khám phá Ma túy Axit Nucleic, Khoa Phục hồi chức năng, Đại học Kobe Gakuin, Kobe, Nhật Bản

Để hiểu về di truyền nhạy cảm với steroidthận hưhội chứng(SSNS), chúng tôi đã tiến hành một nghiên cứu liên kết toàn bộ bộ gen ở 987 bệnh nhân SSNS thời thơ ấu và 3,2 0 6 vùng khỏe mạnh và TNFSF15 (rs6478109, P [2,54E -8, OR [0,72) đã đạt được bộ gen -có dấu hiệu trên toàn thế giới và đã được nhân rộng trong các cộng đồng người Hàn Quốc, Nam Á và Châu Phi. Các phân tích tổng hợp đa sắc tộc bao gồm các dân số Nhật Bản, Hàn Quốc, Nam Á, Châu Phi, Châu Âu, Tây Ban Nha và Maghrebian đã xác định được mối liên hệ đáng kể của các biến thể trong NPHS 1- KIRREL2 (Pmeta [6.71E -28, OR [1.88 ) và TNFSF15 (Pmeta [5.40E -11, OR [1.33)). Phân tích các alen nguy cơ NPHS1 với biểu hiện mRNA NPHS1 ở cầu thận từ cùng một người cho thấy biểu hiện đặc trưng của alen với biểu hiện thấp hơn đáng kể của bảng điểm có nguồn gốc từ haplotype nguy cơ (thử nghiệm Wilcox p [9.3E -4). Bởi vì các biến thể gây bệnh hiếm gặp trong NPHS1 gây ra một bẩm sinhhội chứng thận hưthuộc loại Phần Lan (CNSF), nghiên cứu hiện tại cung cấp thêm bằng chứng rằng sự biến đổi dọc theo phổ tần số alen trong cùng một gen có thể gây ra hoặc góp phần gây ra cả một bệnh đơn gen hiếm gặp (CNSF) và một bệnh đa gen (SSNS) phức tạp hơn.

Vô cănhội chứng thận hư(INS) là bệnh cầu thận phổ biến nhất ở trẻ em. Tỷ lệ hiện mắc INS đã được báo cáo là gần 16 trường hợp trên 100, 000. 1 Có sự khác biệt đáng kể về sắc tộc trong tỷ lệ mắc INS, tạo ra khoảng 2-7 trường hợp trên 100, 000 trẻ em . Tỷ lệ mắc INS cao hơn ở những người có tổ tiên châu Á so với tổ tiên châu Âu.2 Ở Nhật Bản, tỷ lệ mắc INS ước tính là 6,49 trường hợp trên 100, 000 trẻ em.3 Khoảng 3 phần trăm trẻ em nhạy cảm với steroidhội chứng thận hư(SSNS) có tiền sử gia đình mắc SSNS.4 Cơ chế bệnh sinh của INS vẫn chưa rõ ràng, mặc dù hơn 50 gen đơn gây bệnh kháng steroidhội chứng thận hưđã được tìm thấy, và các đột biến gây bệnh trong các gen này đã được xác định ở khoảng 30 phần trăm bệnh nhân trẻ em và thanh niên kháng steroidhội chứng thận hư.5,6 Gần đây, 6 gen liên quan đến hoạt động enzym liên kết guanosine triphosphat (GTPase) nhỏ giống Rho đã được xác định là nguyên nhân của hội chứng thận hư có thể được điều trị một phần bằng steroid. 7 Đột biến EMP2 được xác định trong SSNS bằng sự kết hợp của liên kết phân tích và giải trình tự exome.8 Tuy nhiên, một số bệnh nhân SSNS có đột biến ở các gen trên, cho thấy rằng cấu trúc di truyền thay thế có thể thúc đẩy cơ chế bệnh sinh cho hầu hết bệnh nhân SSNS.9 Nhiễm trùng cấp tính và vết đốt của côn trùng là những tác nhân nổi tiếng của sự khởi phát và tái pháthội chứng thận hư.10–13 Những liên kết này cho thấy rằng các yếu tố di truyền và môi trường là quan trọng trong tính nhạy cảm với sự phát triển của SSN. Để làm sáng tỏ các yếu tố nhạy cảm di truyền của SSNS ở trẻ em, 4 nghiên cứu liên kết toàn bộ bộ gen (GWASs) trong chuỗi bệnh chứng có đặc điểm tốt đã được thực hiện. Vùng HLA-DR / DQ thể hiện mối liên quan rõ rệt nhất với bệnh tật ở các dân số châu Âu và Nhật Bản, 14–17 với 2 locus không HLA trên 4q13.3 (PARM1) và 6q22.1 (CALHM6) cũng chỉ đạt được dấu hiệu trên toàn bộ gen. Trẻ em châu Âu.15,17 Với kích thước mẫu hạn chế trong các nghiên cứu này, các nhóm thuần tập lớn hơn và các nghiên cứu hợp tác quốc tế là cần thiết để xác định các yếu tố nhạy cảm bổ sung. Ở một dân số Nhật Bản, chúng tôi đã thực hiện một khám phá GWAS với kích thước mẫu lớn nhất cho đến nay (987 bệnh nhân SSNS thời thơ ấu so với 3206 đối chứng), sau đó là một phân tích tổng hợp nhân rộng quốc tế và xuyên dân tộc (Hình 1).

CISTANCHE ĐIỀU TRỊ BỆNH KIDNEY

KẾT QUẢ

Đối tượng

Định nghĩa của INS được trình bày trong Bảng Bổ sung S1. Trong giai đoạn khám phá, 1 0 18 bệnh nhân Nhật Bản mắc chứng SSNS thời thơ ấu đã được tuyển chọn và 987 trường hợp được đưa vào phân tích liên kết sau khi tiến hành kiểm soát chất lượng. Đặc điểm của 987 bệnh nhân được trình bày trong Bảng bổ sung S2. Tỷ lệ nam trên nữ là 2,6: 1. Độ tuổi trung bình khi bắt đầu là 4. 0 tuổi (0. 4–17,9 tuổi). Sinh thiết thận được thực hiện ở 501 trong số 987 bệnh nhân (51 phần trăm) (đối với bệnh thay đổi tối thiểu [N ¼ 470; 93,8 phần trăm], xơ cứng cầu thận phân đoạn khu trú [N ¼ 16; 3,2 phần trăm], tăng sinh lan tỏa trung bì [N ¼ 14; 2,8 phần trăm] , và tăng sinh trung bì khu trú [N ¼ 1; 0,2 phần trăm]). Tổng cộng, 3331 người Nhật Bản trưởng thành khỏe mạnh đã được tuyển chọn làm đối chứng.

Phân tích liên kết dựa trên sự đa hình nucleotide đơn trên toàn bộ gen (SNP)

In the discovery stage, 1018 cases and 3331 healthy controls were genotyped by Japonica array. Whole-genome imputation was performed subsequently using the phased reference panel of 2036 healthy Japanese individuals. After data cleaning (Supplementary Figure S1A–E), 987 cases and 3206 controls with 6,834,340 autosomal single-nucleotide variants and short insertions and deletions were retained for association analyses. The power of discovery GWAS exceeded 80% to detect low-frequency variants (minor allele frequency [MAF] >0.5%) with genotypic relative risk >6.20, or common alleles (MAF $5%) with relative risk >2.05, or variants with an allele frequency ¼ 50% conferring relative risk >1,48 ở ngưỡng giá trị P đáng kể là 5E – 08 theo mô hình phụ gia (Hình bổ sung S2). Hệ số tính toán, l, là 1,151 cho tất cả các biến thể được thử nghiệm. Sau khi điều chỉnh theo giới tính và 4 thành phần chính đầu tiên (PC1–4), l là 1,048, giảm xuống 1,043 khi các biến thể trong vùng HLA (Hg19: chr6: 29,691,116–33,054,976) bị loại trừ (Hình bổ sung S3A và B).

Mối liên quan không đáng kể nhất được phát hiện trong vùng HLA- DR / DQ (rs6901541, P ¼ 2,80E – 33, tỷ lệ chênh lệch [OR] ¼ 2,49, khoảng thời gian kết hợp 95%: 2,15–2,89; Hình 2 và 3a). Tín hiệu trong vùng NPHS 1- KIRREL2 trên 19q13.12 (rs56117924; P ¼ 4,94E – 20, OR ¼ 1,90, 95 phần trăm tương ứng: 1,66–2,18; Hình 3b) và trong vùng TNFSF15 trên

Hình 1|Sơ đồ. Đề cương chính của nghiên cứu liên kết toàn bộ bộ gen khám phá (GWAS). Sao chép các đa hình đơn nucleotide ứng cử viên bên ngoài HLA với nhiều quần thể và phân tích tổng hợp đa sắc tộc. Nhóm thuần tập 3Cités, thành phố 3- của Pháp (Bordeaux, Dijon và Montpellier); AFR, Châu Phi; EUR, Châu Âu; ExAC, bộ gen; GINS-J, Hiệp hội Nghiên cứu về Di truyền Thời thơ ấuHội chứng thận hưỞ Nhật; ItSpa, nhóm thuần tập Ý và Tây Ban Nha; KCHRD, Hiệp hội các bệnh thận di truyền ở trẻ em Hàn Quốc; MWPNC, Hiệp hội Thận Nhi khoa Trung Tây; NEPHROVIR, Bệnh thận và vi rút ở trẻ em thuần tập; HOẶC, tỷ lệ chênh lệch; Pmeta, P-value trong phân tích tổng hợp; QC, kiểm soát chất lượng; SSNS, nhạy cảm với steroidhội chứng thận hư.

CISTANCHE ĐIỀU TRỊ BỆNH KIDNEY

9q32 (rs64781 0 9, P ¼ 2.54E - 0 8, OR ¼ 0. 72, 95 phần trăm khoảng thời gian: 0. 64 - 0 .81; Hình 3c) cũng đạt được dấu hiệu trên toàn bộ bộ gen (P <5e –="" 08).="" một="" tín="" hiệu="" trong="" vùng="" tnfrsf11a="" trên="" 18q21.33="" đạt="" được="" dấu="" hiệu="" cận="" biên="" trên="" toàn="" bộ="" bộ="" gen="" (rs34213471,="" p="" ¼="" 7.68e="" –="" 08,="" or="" ¼="" 1.38,="" 95="" phần="" trăm="" khoảng="" thời="" gian:="" 1.23–="" 1.56;="" hình="" 3d;="" bảng="" bổ="" sung="" s3).="" các="" phân="" tích="" có="" điều="" kiện="" được="" thực="" hiện="" ở="" các="" vùng="" mới="" không="" thuộc="" hla.="" không="" có="" snp="" nào="" cho="" thấy="" dấu="" hiệu="" độc="" lập="" sau="" khi="" điều="" chỉnh="" snp="" đạo="" trình="" trong="" mỗi="" vị="" trí="" (hình="" bổ="" sung="" s4="" –="" s6).="" chín="" snp="" đã="" được="" chọn="" để="" sao="" chép="" mục="" tiêu="" và="" phân="" tích="" tổng="" hợp:="" trong="" vùng="" nphs="" 1-="" kirrel2,="" snp="" chính="" (rs56117924),="" 2="" snp="" chức="" năng="" tiềm="" năng="" trong="" liên="" kết="" mất="" cân="" bằng="" với="" snp="" chính="" (rs2073901="" và="" rs2285450)="" và="" 2="" snp="" trong="" mối="" liên="" kết="" mất="" cân="" bằng="" với="" snp="" dẫn="" đầu="" của="" chúng="" tôi="" với="" tần="" suất="" cao="" ở="" các="" quần="" thể="" châu="" âu="" (rs412175="" và="" rs404299)="" đã="" được="" chọn="" (hình="" s7="" bổ="" sung).="" trong="" vùng="" tnfsf15,="" ngoài="" snp="" dẫn="" đầu="" (rs6478109),="" rs4979462="" (r2="" ¼="" 0,55="" với="" rs6478109="" trong="" bộ="" tiếng="" nhật="" phát="" hiện)="" được="" chọn="" vì="" nó="" có="" liên="" quan="" đến="" các="" bệnh="" tự="" miễn="" trong="" các="" báo="" cáo="" trước="" đây.="" 18,19="" trong="" vùng="" tnfrsf11a,="" dẫn="" snp="" (rs34213471)="" và="" snp="" trong="" liên="" kết="" mất="" cân="" bằng="" với="" snp="" dẫn="" (rs8086340,="" r2="" ¼="" 0,42="" với="" rs34213471="" trong="" tập="" nhật="" bản="" khám="" phá)="" đã="" được="" chọn.="" tất="" cả="" các="" snp="" ứng="" cử="" viên="" đều="" là="" các="" biến="" thể="" phổ="" biến="" (maf=""> 5%) trong dân số Nhật Bản (Bảng 1).

Nhân rộng và phân tích tổng hợp đa sắc tộc của các SNP ứng viên ở các vùng không thuộc HLA

Việc nhân rộng 9 SNP ứng cử viên đã được tiến hành ở nhiều nhóm dân cư bao gồm người Hàn Quốc, Nam Á, Châu Phi, Châu Âu, Tây Ban Nha và Maghrebian (Bảng 1). Giá trị P <0. 05/9="" ¼="" 5.55e="" –="" 03="" được="" coi="" là="" không="" đáng="" kể.="" các="" tín="" hiệu="" không="" thể="" biểu="" hiện="" trên="" toàn="" bộ="" bộ="" gen="" trong="" vùng="" nphs1="" –="" kirrel2="" được="" sao="" chép="" bằng="" tiếng="" hàn="" (rs2285450,="" p="" ¼="" 1.32e="" –="" 05,="" or="" ¼="" 1.98;="" rs412175,="" p="" ¼="" 3.55e="" –="" 05,="" or="" ¼="" 1.91;="" rs2073901,="" p="" ¼="" 1.10e–="" 04,="" or="" ¼="" 2.09;="" rs56117924,="" p="" ¼="" 4.19e="" –="" 04,="" or="" ¼="" 1.70;="" và="" rs404299,="" p="" ¼="" 4.99e="" –="" 04,="" or="" ¼="" 1.88),="" nam="" á="" (hiệp="" hội="" thận="" nhi="" trung="" tây="" [mwpnc];="" rs404299,="" p="" ¼="" 1.56="" e–="" 12,="" or="" ¼="" 2,95;="" rs2285450,="" p="" ¼="" 1,27e–="" 04,="" or="" ¼="" 3,31;="" rs2073901,="" p="" ¼="" 1,49e="" –="" 04,="" or="" ¼="">

Hình 2|Âm mưu Manhattan trong nghiên cứu liên kết toàn bộ bộ gen khám phá. Trong giai đoạn khám phá, 987 bệnh nhân nhạy cảm với steroid thời thơ ấuhội chứng thận hưvà 3206 đối chứng trưởng thành khỏe mạnh với 6.834.340 biến thể nucleotide đơn nucleotide tự động và sự chèn và xóa sau khi cấy ghép toàn bộ bộ gen đã được đưa vào. Giá trị P được tính toán bằng cách sử dụng hồi quy logistic và điều chỉnh theo giới tính và các thành phần chính 1–4.

Bộ dữ liệu rs412175, P ¼ 2,77E - 0 4, OR ¼ 2,39) và châu Phi (MWPNC) (rs56117924, P ¼ 3.2 0 E – 05, OR ¼ 1,76). SNP của ứng viên trong vùng TNFSF15 được sao chép trong bộ dữ liệu tiếng Hàn (rs6478109, P ¼ 1,09E – 05, OR ¼ 0,65) và châu Phi (MWPNC) (rs4979462, P ¼ 1,36E – 03, OR ¼ 1,47). Sự liên kết trong khu vực TNFRSF11A đã được nhân rộng ở người Nam Á (MWPNC) (rs8086340, P ¼ 4,66E – 05, OR ¼ 0,53). Không ai trong số 9 SNP ứng cử viên đạt được thành tích thống kê trong nhóm thuần tập Châu Âu, Tây Ban Nha (MWPNC), Châu Phi hoặc Maghrebian (cả NEPHROVIR) sau nhiều lần chỉnh sửa. Sức mạnh hạn chế để phát hiện các liên kết vừa phải trong giai đoạn sao chép cần được xem xét (Bảng bổ sung S4).

Các phân tích tổng hợp đa dạng về sắc tộc của 9 SNP, bao gồm các tập hợp mẫu khám phá và sao chép, các liên kết có ý nghĩa quyết định của NPHS 1- KIRREL2 (rs2285450, P-value trong phân tích tổng hợp [Pmeta] ¼ 6,71E – 28, HOẶC ¼ 1,88 ; rs2073901, Pmeta ¼ 1.03E – 20, OR ¼ 2.04) và vùng TNFSF15 (rs4979462, Pmeta ¼ 5.40E– 11, OR ¼ 1.33), nhưng không thuộc quỹ tích TNFRSF11A (Bảng 2).

Phân tích dựa trên gen trong giai đoạn khám phá

Trong một thử nghiệm dựa trên gen, 6.834,34 0 biến thể tự sinh được ánh xạ tới 18.644 gen mã hóa protein. Bảy mươi mốt gen đạt được dấu hiệu toàn bộ gen (P <0,05 18,644="">

2.68E – 06) (Hình bổ sung S8; Hình bổ sung

Bảng S5). NPHS1 (giá trị P trong phân tích dựa trên gen [Pgene] ¼ 6.29E– 18) và KIRREL2 (Pgene ¼ 7.79E– 14) thể hiện mối liên quan rõ rệt nhất với bệnh bên ngoài vùng HLA. Trong phân tích bộ gen, phức hợp protein loại II có tính tương thích mô chính (P-value modi ed by Bonferroni's method [P-Bonferroni] ¼ 1.22E - 0 3, Beta ¼ 1.5 0), tương hợp mô chính hoạt động của thụ thể phức hợp lớp II (P-Bonferroni ¼ 6.17E – 03, Beta ¼ 1.61), mặt bên của màng (P-Bonferroni ¼ 1.97E – 02, Beta ¼ 0.75) và đáp ứng miễn dịch bẩm sinh (P-Bonferroni ¼ 1.97 E-02, Beta ¼ 0,17) rõ ràng có liên quan đến bệnh (Bảng bổ sung S6 và S7).

CISTANCHE ĐIỀU TRỊ BỆNH KIDNEY

Phân tích hậu GWAS của quỹ tích NPHS 1- KIRREL2

Cho rằng NPHS1 là đỉnh quan trọng nhất sau vùng HLA, NPHS1 và KIRREL2 có vai trò quan trọng trong sinh học podocyte và NPHS1 là một trong những Mendelian phổ biến nhấthội chứng thận hưgen, chúng tôi tập trung phân tích sau GWAS vào các biến thể rủi ro tại vị trí này (19q13.12; 36,2–36,6 Mb). Do sự gần gũi về mặt sinh học của DNA với mRNA và sự sẵn có của dữ liệu phiên mã thận có nguồn gốc từ sinh thiết và gen được ghép nối hiện có từ những người tham gia nghiên cứu Mạng lưới Nghiên cứu Hội chứng Thận (NEPTUNE), 20,21 chúng tôi đã chọn để điều tra mối quan hệ giữa các alen nguy cơ tại locus này và biểu hiện mRNA cục bộ.

We first tested the hypothesis that these risk SNPs altered expression of nearby genes as a cis expression quantitative trait locus (eQTL). However, there was no strong evidence that there were significant eQTLs for NPHS1 or KIRREL2 in the kidney or other tissues (Supplementary Table S8). We also found it to be unlikely that the 2 synonymous variants (rs2285450, c.294 C>T; rs2073901, c.2223C>T) trong NPHS1 ảnh hưởng đến cấu trúc thứ cấp, bằng cách sử dụng Máy chủ Web RNAsnp.22 Sau đó, chúng tôi chuyển sự chú ý sang nghiên cứu tác động của haplotype nguy cơ nhiễm sắc thể 19, ve-SNP đối với quy định phiên mã NPHS1. Để làm điều này, chúng tôi đã so sánh NPHS1 biểu hiện của 4 người tham gia NEPTUNE có đầy đủ 5 haplotype rủi ro NPHS1 với 183 người tham gia không có haplotype rủi ro đầy đủ. 4 người tham gia có haplotype rủi ro không có sự khác biệt đáng kể trong biểu thức NPHS1 (kiểm định Wilcoxon P ¼ 0. 39; Hình 4a). Không có bằng chứng cho thấy haplotype nguy cơ này chứa eQTL đối với NPHS1 cầu thận, chúng tôi giả thuyết rằng bảng điểm NPHS1 có nguồn gốc từ haplotype nguy cơ sẽ được biểu hiện khác biệt so với bảng điểm từ haplotype tham chiếu (biểu thức allele-speci fi c [ASE]), như ASE đã từng được báo cáo là có liên quan đến tính nhạy cảm với các bệnh, bao gồm bệnh đại tràng, rối loạn phổ tự kỷ và rối loạn sử dụng rượu. 23–25 Chúng tôi đã sử dụng biểu hiện cụ thể theo giai đoạn và alen từ RNA-seq (phASER) để định lượng mức độ phong phú của haplotype, sau đó định lượng "độ lớn" của ASE "là mức độ lệch khỏi tỷ lệ biểu hiện 1: 1 được mong đợi từ mỗi nhiễm sắc thể j 0. 5 - (haplotype A / tổng số) j. Ở những bệnh nhân có haplotype nguy cơ, haplotype A chứa đựng tất cả 5 biến thể nguy cơ NPHS1; ở những bệnh nhân không có haplotype nguy cơ, haplotype A được chọn ngẫu nhiên từ một trong 2 haplotype của họ. Chúng tôi nhận thấy biểu hiện thực sự thấp hơn đáng kể củabảng điểm NPHS1 từ haplotype rủi ro (Bảng 3). Độ lớn của ASE trong 4 mẫu haplotype rủi ro là 0. 14, 0. 21, 0. 22 và 0. 22, trong khi giá trị trung bình của mẫu kia 183 bệnh nhân là 0. 0 3 (phạm vi liên phần tư: 0. 01–0.05, kiểm tra Wilcoxon về sự khác biệt trong ASE, P ¼ 9.3E – 4; Hình 4b).

Hình 3|Biểu đồ khu vực của các locus có dấu hiệu toàn bộ gen (P <5e –="" 08)="" hoặc="" vết="" cắt="" dấu="" hiệu="" toàn="" bộ="" gen="" ở="" rìa="" trong="" giai="" đoạn="" khám="" phá.="" (a)="" vùng="" hla="" cổ="" điển="" trên="" nhiễm="" sắc="" thể="" (chr)="" 6="" biểu="" hiện="" mối="" liên="" kết="" đáng="" kể="" nhất="" (p="" ¼="" 2,80e="" –="" 33).="" (b)="" vị="" trí="" ứng="" cử="" viên="" có="" dấu="" hiệu="" toàn="" bộ="" bộ="" gen="" trên="" chr="" 19="" (p="" ¼="" 4,94e="" –="" 20).="" (còn="">

Hình 3|(Tiếp theo) (c) Vị trí ứng viên có dấu hiệu trên toàn bộ bộ gen trên chr 9 (P ¼ 2,54E – 08). (d) Vị trí ứng viên có dấu hiệu cận biên trên toàn bộ bộ gen trên chr 18 (P ¼ 7.68E – 08).

HLA fi ne-mapping

Phân tích liên kết HLA trong nghiên cứu hiện tại đã xác định các liên kết trước đây của chúng tôi với nhiều giá trị P đáng kể hơn.16 Chi tiết về ánh xạ liên kết HLA được trình bày trong Bảng bổ sung S9 – S2 0 và Hình bổ sung S9A – G). HLA-DRB1 * {{5 0}} 8: 0 2– DQB1 * 03: 02 là loại haplotype nhạy cảm không thể có ý nghĩa nhất (giá trị P đã hiệu chỉnh [Pc] ¼ 1,16E – 22, HOẶC ¼ 3,38), với một liên kết đáng kể hơn và mạnh hơn HLA-DRB1 * 08: 02 (Pc ¼ 2,60E – 22, OR ¼ 2,66) hoặc HLA-DQB1 * 03: 02 (Pc ¼ 2,59E– 10, OR ¼ 1,71) một mình. HLA-DRB1 * 13: 02 – DQB1 * 06: 04 là loại haplotype bảo vệ đáng kể nhất (Pc ¼ 1,63E– 16, OR ¼ 0,18). Một cá nhân trong nhóm trường hợp (1 trong 870 ¼ 0,11 phần trăm) và 15 đối chứng khỏe mạnh (15 trong số 2903 ¼ 0,52 phần trăm) là dị hợp tử đối với loại đơn bội nhạy cảm (HLA-DRB1 * 08: 02 – DQB1 * 03: 02) và bảo vệ haplotype (HLA-DRB1 * 13: 02 – DQB1 * 06: 04), cho thấy tác dụng vượt trội của haplotype bảo vệ so với haplotype nhạy cảm, mặc dù sự khác biệt không có ý nghĩa thống kê (P ¼ 0,14; Bảng bổ sung S20).

CISTANCHE ĐIỀU TRỊ BỆNH KIDNEY

Xin vui lòng nhấp vào đây để Phần Hai